こちらはツイッターまとめのNekoPaintの便利機能まとめから、検索などが使えるように改めて追加編集したものです。
お絵かきソフトでどんなことができるのかを知りたい方にも、参考にして頂ければと思います。
猫ペイントダウンロードサイト→ 最新テスト版（updateのみ）→　無印　 QT(Cute)
　
このサイトでは無印版を基準にしています。QT版にも対応しているかはアイコンを見てください。
｜　NekoPaintの各バージョンについて　｜　猫ペイント(無印)と、猫ペイントQT(Cute)の違い　｜

編集(14) 保存(9) 定規(3) 塗り潰し(4) ショートカット(12) ブラシ(23) レイヤー(23) 描画(15) 選択(13) 表示(ビュー)(7)
スポイト(3) 模様(3) ウィンドウ(11) スクリプト(7) 文字(4) 漫画(7) グラデーション(1) その他(12) 番外編(15)

■ ウィンドウ配置を登録可能 (ウィンドウ)
■ ナビゲーターのプレビューからズームや回転 (表示(ビュー),番外編)
■ 投げ縄ツールの選択の仕方 (ショートカット,選択)

■ 保存 (保存)
■ 猫ペが起動しなくなった (番外編)
■ 筆圧調整ができる (ブラシ)

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●　ウィンドウ配置を登録可能　

メニューバーの「ウィンドウ」に、「レイアウト保存」と「レイアウト読み込み」があります。
(2014/10/22 現在の最新版では、設定項目６つ)
レイアウト保存しておけば、一時的にウィンドウを弄ってもすぐに戻すことが可能です。
ＱＴ版はqnp.iniが配置の記録ファイルです。
登録項目はありませんが、ＱＴ版を起動していないときに保管したqnp.iniを差し替えればレイアウトを戻せます。
無印はconfigフォルダ内の layout.cfg、
QTは qnp.ini を削除すると最初の配置になります。

講座サイトなど：

●　ナビゲーターのプレビューからズームや回転　

ナビゲーターウィンドウのプレビューの赤枠を使って、キャンバスのズームと角度が変更可能になります。
使うには、メニューバーの「ファイル」→「環境設定」でチェックを入れてください。

QT版では、設定ファイル(np.cfg)を直接弄るしかありません。
n30571=0　回転OFF　、　n30571=1　回転ON
n30570=0　ズームOFF　、　n30570=1　ズームON

デフォルトでは、ズーム機能ON、回転はOFFになっているようです。

講座サイトなど：

●　投げ縄ツールの選択の仕方　

2015/6/28に更新されたnpaint_temp6.zip　についた機能です。

投げ縄ツールで、シフトキーを押している間は、複数のストロークに分けて選択できるようになりました。
np.cfg で n10306=0 にすると、設定が解除されます。

講座サイトなど：

http://npaint.sakura.ne.jp/test/temp.html

●　保存　

レイヤーの情報を維持したまま保存できます。
ＱＴ版には保存形式のメニューがありません。
保存形式の指定がなければ、ファイル読み込み時の形式で保存されます。
ファイルを新規作成したときは、psd形式になります。

psdのみ解像度(dpi)を保持します。
他の保存形式は96dpiでの保存となります。
例えばJPGで保存後、そのファイルを猫ペイントで開くと600dpiと表示されますが、あれは間違いなので注意してください。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/menubar.htm

●　猫ペが起動しなくなった　

configフォルダ内の、key2.dat を削除してください。
このファイルの編集はできないので(かなり知識が必要そうです)、キー設定２を使うならば、登録したあとにコピーしてファイルを保管しておくのがオススメです。
ブラシ・テクスチャの新しい画像を追加したあとでしたら、その画像が壊れていて起動しない可能性もあります。
※起動しなくなったという情報自体が少なく、この問題以外は聞いたことはありません。（2014年12月現在）

講座サイトなど：