こちらはツイッターまとめのNekoPaintの便利機能まとめから、検索などが使えるように改めて追加編集したものです。
お絵かきソフトでどんなことができるのかを知りたい方にも、参考にして頂ければと思います。
猫ペイントダウンロードサイト→ 最新テスト版（updateのみ）→　無印　 QT(Cute)
　
このサイトでは無印版を基準にしています。QT版にも対応しているかはアイコンを見てください。
｜　NekoPaintの各バージョンについて　｜　猫ペイント(無印)と、猫ペイントQT(Cute)の違い　｜

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■ 初期キャンバスサイズの登録 (その他)
■ 透明ブラシ (ブラシ)
■ スタンプ風 (ブラシ,描画)

■ ブラシセット登録のススメ (ブラシ,ウィンドウ)
■ 罠？ (ブラシ,番外編)
■ 落書きの強い味方 (保存,その他)

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●　初期キャンバスサイズの登録　

configフォルダ内の preset_sizes.txt で、任意のサイズ(プリセットサイズ)を登録できます。
例： 4961 x 7016 600dpi A4
解像度(dpi)も設定できますが、PSD以外で保存すると96dpiに変更されます。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/settei.htm#sonota

●　透明ブラシ　

そのとき使用しているブラシ設定を消しゴムとして利用できます。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/tool.htm

●　スタンプ風　

ブラシ画像をスタンプのように使えます。

講座サイトなど：

●　ブラシセット登録のススメ　

ブラシセット登録がとても簡単で、自分でブラシ調整する人にはありがたいです。
QT版でブラシの数を増やすのは、メニューバーの「設定」→「ブラシセット」です。
ブラシ設定を変えたあと、登録したいときは、空白部分をクリックして「登録」ボタンを押すだけです。

講座サイトなど：

●　罠？　

テクスチャのトーン貼りで上手くいかないときや、ブラシ系以外のツールを使ったあとに、消しゴムが使えなくなったor設定が勝手に変わってることがあります。
Ctrl＋クリック　を消しゴムにしていると起こります。
ブラシ → バケツ → 設定変更　とすれば、設定変更がブラシに適応されます。
消しゴム → バケツ → 設定変更　とすれば、設定変更が消しゴムに適応されます。
ブラシ → バケツ → Ctrl+Z → Ctrlを押したときに消しゴムに→バケツに戻る。
このパターンで、意図せずに消しゴムの設定が変わってしまうことがあります。
そして、設定によっては消しゴムが利かなくなったようにも見えます。

講座サイトなど：

http://nekop.seesaa.net/article/144555490.html　／　http://nekop.seesaa.net/article/313184205.html