こちらはツイッターまとめのNekoPaintの便利機能まとめから、検索などが使えるように改めて追加編集したものです。
お絵かきソフトでどんなことができるのかを知りたい方にも、参考にして頂ければと思います。
猫ペイントダウンロードサイト→ 最新テスト版(updateのみ)→ 無印  QT(Cute)
 
このサイトでは無印版を基準にしています。QT版にも対応しているかはアイコンを見てください。
| NekoPaintの各バージョンについて | 猫ペイント(無印)と、猫ペイントQT(Cute)の違い |

編集(14) 保存(9) 定規(3) 塗り潰し(4) ショートカット(12) ブラシ(23) レイヤー(23) 描画(15) 選択(13) 表示(ビュー)(7)
スポイト(3) 模様(3) ウィンドウ(11) スクリプト(7) 文字(4) 漫画(7) グラデーション(1) その他(12) 番外編(15)
key word   空白区切りで絞込みOK
レイヤーフォルダがある (レイヤー)
レイヤー内の描画部分を選択 (レイヤー,選択)
まとめて移動 (編集,レイヤー,選択)
レイヤー判定がある (塗り潰し,レイヤー,選択)
表示レイヤーを結合 (レイヤー)
描画からアクティブレイヤー選択 (レイヤー,描画)
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 レイヤーフォルダがある 

レイヤーフォルダ(グループフォルダ)を使い、「線画」「塗り」「背景」のようにレイヤーを整理できます。
フォルダの中にフォルダを作ったり、フォルダの中身のレイヤーごと複製することも可能です。
講座サイトなど: http://koppe.iinaa.net/layer.htm#folder
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 レイヤー内の描画部分を選択 

Ctrl または Alt を押しながら、レイヤーウィンドウのサムネイルをクリックすると、そのレイヤーの描画部分を選択できます。

2015/7/26に更新されたnpaint_temp8.zip では、レイヤーサムネイルをCTRL+ALT+クリックで、選択領域からレイヤーの不透明部分を削除できるようになりました。
講座サイトなど:
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 まとめて移動 

フォルダを選択した状態で「移動ツール」を使うと、フォルダ内のものを纏めて移動できます。
部分選択した状態で、そこだけ移動させることも可能です。

※フォルダのモードが「通過」だと使えないので注意してください。
猫ペのバージョンによっては、デフォルトが通過になっています。
npconfigフォルダ内の npconfig.exe を起動すると、デフォルトを通常or通過で選べます。
猫ペイントを起動していないときに設定変更してください。
講座サイトなど: http://koppe.iinaa.net/layer.htm#folder
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 レイヤー判定がある 

基本、アクティブ(指定)レイヤーと判定レイヤーは同じですが、別のレイヤーを判定してくれる機能があります。
講座サイトなど:
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 表示レイヤーを結合 

2014/10/25 現在、その機能はありませんが、代用は可能です。
フォルダを使っていれば、フォルダを選択した状態で「レイヤーを複製」を使うことで、中の結合レイヤーを作ることができます。
あとはスクリプト。リンク先がプログラムの配布先です。
講座サイトなど: http://nekop.seesaa.net/article/278389331.html
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 描画からアクティブレイヤー選択 

Ctrl+右クリックで、カーソルが置かれた場所に描画があれば、描画されたレイヤーがリスト表示されます。
その中から移動したいレイヤー名を選ぶと、そこがアクティブになります。
講座サイトなど:
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- 管理者: 猫使い -