こちらはツイッターまとめのNekoPaintの便利機能まとめから、検索などが使えるように改めて追加編集したものです。
お絵かきソフトでどんなことができるのかを知りたい方にも、参考にして頂ければと思います。
猫ペイントダウンロードサイト→ 最新テスト版（updateのみ）→　無印　 QT(Cute)
　
このサイトでは無印版を基準にしています。QT版にも対応しているかはアイコンを見てください。
｜　NekoPaintの各バージョンについて　｜　猫ペイント(無印)と、猫ペイントQT(Cute)の違い　｜

編集(14) 保存(9) 定規(3) 塗り潰し(4) ショートカット(12) ブラシ(23) レイヤー(23) 描画(15) 選択(13) 表示(ビュー)(7)
スポイト(3) 模様(3) ウィンドウ(11) スクリプト(7) 文字(4) 漫画(7) グラデーション(1) その他(12) 番外編(15)

■ ショートカット変更ツール (ショートカット,番外編)
■ ショトカットキーで１ｐｉｘｅｌ移動 (編集,ショートカット)
■ アクティブレイヤーの内容削除 (編集,ショートカット,レイヤー)

■ ブラシ種類・色・レイヤーをショートカットで (ショートカット)
■ 描画からアクティブレイヤー選択(key) (ショートカット,レイヤー,描画)
■ ツール一時切り替え（ツールシフト） (ショートカット)

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●　ショートカット変更ツール　

有志製作の、key.txt編集ソフトです。
設定しようとしたキーが他で使われていたら教えてくれます。
配布ＵＲＬはリンク先です。

QT版だけど使いたい！という場合は、無印をDLしてからこのソフトを使い、configフォルダの中からkey.txtをコピーして、QT側にペーストするしかないです。

講座サイトなど：

http://ux.getuploader.com/Frog/download/72/Frog_72.zip

●　ショトカットキーで１ｐｉｘｅｌ移動　

Ctrlを押しながら矢印キーを押すと、１ｐｉｘｅｌずつ移動します。
表示倍率を下げると移動率が上がります。(50％だと２ｐｉｘｅｌ)

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/settei.htm#shortcut

●　アクティブレイヤーの内容削除　

「Back Space」キーで、選択中のレイヤーの描画が全て消えます。
選択範囲の中だけを消したいときは、「Delete」キーを使ってください。

講座サイトなど：

●　ブラシ種類・色・レイヤーをショートカットで　

メニューバーの「ウィンドウ」→「キー設定2」
キー設定２(key設定2)は、ブラシや色、レイヤー名を記憶できます。
例えば『いつもレイヤー１に水色ペンで下書き』なら、別レイヤーで描いててもショートカットで即下書きを変更・修正できるようになります。
設定方法は参考URLを開いて、「キー設定2」をブラウザ検索してください。
たまにこのファイルが壊れて、猫ペイントが起動できないことがあるようです。
キー２を使われる場合、無事なうちにコピーして保管しておくと良いです。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/settei.htm#shortcut

●　描画からアクティブレイヤー選択(key)　

key設定のどれかに「レイヤー選択(フォルダ内)」を設定すると使える機能です。
このショートカットキーを使うと、クリックした場所に描画があれば、そのレイヤーがアクティブレイヤーになります。
ただし、描画が重なっていると一番上のレイヤーが選択されます。
クリックではなく左ドラッグでも選択可能です。

講座サイトなど：

https://twitter.com/kt4sk/status/415215128909332480/

●　ツール一時切り替え（ツールシフト）　

メニューバーの「α(Y)」→「ツール一時切り替え」で設定できます。
「300」「500」は長押しで切り替わる時間の長さです。
※ ver1.36_script33　2013_1216版から追加された機能ですが、ショートカットがかなり不安定になります。2014/9/25に更新されたnpaint_temp4.zip以降を使ってください。
npaint_temp4.zipは参考URL先にあります。

講座サイトなど：

http://npaint.sakura.ne.jp/test/temp.html　／　http://koppe.iinaa.net/settei.htm#shortcut