こちらはツイッターまとめのNekoPaintの便利機能まとめから、検索などが使えるように改めて追加編集したものです。
お絵かきソフトでどんなことができるのかを知りたい方にも、参考にして頂ければと思います。
猫ペイントダウンロードサイト→ 最新テスト版（updateのみ）→　無印　 QT(Cute)
　
このサイトでは無印版を基準にしています。QT版にも対応しているかはアイコンを見てください。
｜　NekoPaintの各バージョンについて　｜　猫ペイント(無印)と、猫ペイントQT(Cute)の違い　｜

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■ 透過PNGの保存 (保存)
■ バックアップファイル保存 (保存)
■ 落書きの強い味方 (保存,その他)

■ 作業中ファイルの自動保存 (保存)
■ フリーズしたときの保存 (保存)
■ 保存 (保存)

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●　透過PNGの保存　

メニューバーの「レイヤー」→【レイヤーを保存】で、選択しているアクティブレイヤーを、透明保持した状態でPNG保存できます。
複数のレイヤーの結合状態で保存したい場合は、フォルダを利用してください。

講座サイトなど：

●　バックアップファイル保存　

作業中のデータを、間違えて上書きして戻せなくなったときに役に立ちます。
~~自動保存とは違い、バックアップファイルの解除設定はありません。~~
psd か apd のファイルで上書き保存するとき、一旦ファイルが複製され、.bak 形式で保存されます。
※ 作業ファイルと同じ場所にあります。
このバックアップファイルを使いたい場合は、ファイル名の .bak を削ってください。

2016年５月 npaint_temp11b.zip から追加。
npconfigフォルダ内の npconfig.exe を起動して、「bakファイ作成」のチェックを外すと解除できるようになりました。
bakファイルの保存場所を選ぶことも可能です。
猫ペイントを起動していないときに設定変更してください。

講座サイトなど：

●　落書きの強い味方　

同梱されている猫スケ(nekosuke.exe)は、スケッチブックに描いたときのようなページ移動があります。
[ウィンドウ]→[カスタム作成]で、「ページ」にチェックを入れたウィンドウを使います。
・・・。
コレ、便利なはずなのですが、「保存できない」とよく勘違いされているようです・・・。

講座サイトなど：

http://candypaint.blog37.fc2.com/blog-entry-31.html　／　http://punch.opla.jp/?eid=1153294

●　作業中ファイルの自動保存　

メニューバーの「α」→「自動保存」で、５～20分のどれかにチェックを入れておくと、猫ペイント側で勝手に保存してくれます。
こまめに保存するのが苦手な人の強い味方です。
※ 猫ペイントがアクティブになっていなければ保存されません。

講座サイトなど：

●　フリーズしたときの保存　

エラーで通常保存が使えなくても、予備保存で保存可能なこともあります。

講座サイトなど：

●　保存　

レイヤーの情報を維持したまま保存できます。
ＱＴ版には保存形式のメニューがありません。
保存形式の指定がなければ、ファイル読み込み時の形式で保存されます。
ファイルを新規作成したときは、psd形式になります。

psdのみ解像度(dpi)を保持します。
他の保存形式は96dpiでの保存となります。
例えばJPGで保存後、そのファイルを猫ペイントで開くと600dpiと表示されますが、あれは間違いなので注意してください。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/menubar.htm