こちらはツイッターまとめのNekoPaintの便利機能まとめから、検索などが使えるように改めて追加編集したものです。
お絵かきソフトでどんなことができるのかを知りたい方にも、参考にして頂ければと思います。
猫ペイントダウンロードサイト→ 最新テスト版（updateのみ）→　無印　 QT(Cute)
　
このサイトでは無印版を基準にしています。QT版にも対応しているかはアイコンを見てください。
｜　NekoPaintの各バージョンについて　｜　猫ペイント(無印)と、猫ペイントQT(Cute)の違い　｜

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●　表示レイヤーを結合　

2014/10/25 現在、その機能はありませんが、代用は可能です。
フォルダを使っていれば、フォルダを選択した状態で「レイヤーを複製」を使うことで、中の結合レイヤーを作ることができます。
あとはスクリプト。リンク先がプログラムの配布先です。

講座サイトなど：

http://nekop.seesaa.net/article/278389331.html

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