こちらはツイッターまとめのNekoPaintの便利機能まとめから、検索などが使えるように改めて追加編集したものです。
お絵かきソフトでどんなことができるのかを知りたい方にも、参考にして頂ければと思います。
猫ペイントダウンロードサイト→ 最新テスト版（updateのみ）→　無印　 QT(Cute)
　
このサイトでは無印版を基準にしています。QT版にも対応しているかはアイコンを見てください。
｜　NekoPaintの各バージョンについて　｜　猫ペイント(無印)と、猫ペイントQT(Cute)の違い　｜

編集(14) 保存(9) 定規(3) 塗り潰し(4) ショートカット(12) ブラシ(23) レイヤー(23) 描画(15) 選択(13) 表示(ビュー)(7)
スポイト(3) 模様(3) ウィンドウ(11) スクリプト(7) 文字(4) 漫画(7) グラデーション(1) その他(12) 番外編(15)

■ ハーフトーン化スクリプト (スクリプト,漫画)
■ 全面ぼかし加工 (編集,描画,スクリプト)
■ 枠線の揃えが簡単 (スクリプト,漫画)

■ ショートカット変更 (ショートカット,スクリプト)
■ セットの有無 (レイヤー,スクリプト,漫画,番外編)
■ クリップボードから開く (スクリプト,その他)

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●　ハーフトーン化スクリプト　

デフォルトにはありませんが、グレー画像をアミ点に変換できます。
いくつかスクリプトがありますので、リンク先でどんな違いがあるのか確認してください。

講座サイトなど：

http://nekop.seesaa.net/article/319459401.html

●　全面ぼかし加工　

ぼかしブラシを選んだ状態で、【スクリプト】→【加工】→【ペンアクティブレイヤー4.1】これで全面ぼかしができます。
ぼかしブラシの設定によっては、かなり時間がかかります。
角度指定した、ずらしぼかしはできません。
ぼかしブラシ自体の設定は、リンク先をどうぞ。

講座サイトなど：

http://nekop.seesaa.net/category/18162191-1.html

●　枠線の揃えが簡単　

漫画の枠線を描くとき、角の合わせ(長さ)を気にせず描ける「コマ割りガイドツール」があります。
メニューバーの「α」からどうぞ。
リンク先は、コマ割りガイド使用で補佐スクリプトの配布先と、コマ割りガイドを使わずにコマ割りする方法の紹介ページです。

講座サイトなど：

http://nekop.seesaa.net/article/176102752.html　／　http://punch.opla.jp/?eid=1153315

●　ショートカット変更　

config フォルダ内の key.txt に、ショートカット一覧があります。
key.txt だけで250以上の項目を設定できます。(自分で追加も必要)
猫ペを起動中だと、書き換えても反映されません。
テンキー設定はコッペパンさんのページで「テンキー」検索してください。
スクリプトのページには、スクリプト用のショートカットキー割り当て方法も載っています。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/settei.htm#shortcut　／　http://note.chiebukuro.yahoo.co.jp/detail/n220649