こちらはツイッターまとめのNekoPaintの便利機能まとめから、検索などが使えるように改めて追加編集したものです。
お絵かきソフトでどんなことができるのかを知りたい方にも、参考にして頂ければと思います。
猫ペイントダウンロードサイト→ 最新テスト版（updateのみ）→　無印　 QT(Cute)
　
このサイトでは無印版を基準にしています。QT版にも対応しているかはアイコンを見てください。
｜　NekoPaintの各バージョンについて　｜　猫ペイント(無印)と、猫ペイントQT(Cute)の違い　｜

編集(14) 保存(9) 定規(3) 塗り潰し(4) ショートカット(12) ブラシ(23) レイヤー(23) 描画(15) 選択(13) 表示(ビュー)(7)
スポイト(3) 模様(3) ウィンドウ(11) スクリプト(7) 文字(4) 漫画(7) グラデーション(1) その他(12) 番外編(15)

■ レイヤーフォルダがある (レイヤー)
■ レイヤー内の描画部分を選択 (レイヤー,選択)
■ ショートカット変更ツール (ショートカット,番外編)

■ 透過PNGの保存 (保存)
■ アナログっぽい色合い (ブラシ)
■ まとめて移動 (編集,レイヤー,選択)

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●　レイヤーフォルダがある　

レイヤーフォルダ(グループフォルダ)を使い、「線画」「塗り」「背景」のようにレイヤーを整理できます。
フォルダの中にフォルダを作ったり、フォルダの中身のレイヤーごと複製することも可能です。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/layer.htm#folder

●　レイヤー内の描画部分を選択　

Ctrl または Alt を押しながら、レイヤーウィンドウのサムネイルをクリックすると、そのレイヤーの描画部分を選択できます。

2015/7/26に更新されたnpaint_temp8.zip　では、レイヤーサムネイルをCTRL+ALT+クリックで、選択領域からレイヤーの不透明部分を削除できるようになりました。

講座サイトなど：

●　ショートカット変更ツール　

有志製作の、key.txt編集ソフトです。
設定しようとしたキーが他で使われていたら教えてくれます。
配布ＵＲＬはリンク先です。

QT版だけど使いたい！という場合は、無印をDLしてからこのソフトを使い、configフォルダの中からkey.txtをコピーして、QT側にペーストするしかないです。

講座サイトなど：

http://ux.getuploader.com/Frog/download/72/Frog_72.zip

●　透過PNGの保存　

メニューバーの「レイヤー」→【レイヤーを保存】で、選択しているアクティブレイヤーを、透明保持した状態でPNG保存できます。
複数のレイヤーの結合状態で保存したい場合は、フォルダを利用してください。

講座サイトなど：

●　アナログっぽい色合い　

ジッターHSVのランダムを利用するだけでもアナログっぽくなりますが、「ウィンドウ」→「パネル２」の、背景色補充も使うともっとアナログっぽくなります。
筆に付いた絵の具を落としきれてなくて、塗ってるうちにちょっと混ざったような感覚でしょうか。
それか絵の具が分離したあの感じ。
QT版は、「ブラシ筆圧曲線」に背景色補充があります。
乗算を使ってみるのも面白いです。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/burasi.htm　／　http://nekop.seesaa.net/article/367856660.html

●　まとめて移動　

フォルダを選択した状態で「移動ツール」を使うと、フォルダ内のものを纏めて移動できます。
部分選択した状態で、そこだけ移動させることも可能です。

※フォルダのモードが「通過」だと使えないので注意してください。
猫ペのバージョンによっては、デフォルトが通過になっています。
npconfigフォルダ内の npconfig.exe を起動すると、デフォルトを通常or通過で選べます。
猫ペイントを起動していないときに設定変更してください。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/layer.htm#folder