こちらはツイッターまとめのNekoPaintの便利機能まとめから、検索などが使えるように改めて追加編集したものです。
お絵かきソフトでどんなことができるのかを知りたい方にも、参考にして頂ければと思います。
猫ペイントダウンロードサイト→ 最新テスト版（updateのみ）→　無印　 QT(Cute)
　
このサイトでは無印版を基準にしています。QT版にも対応しているかはアイコンを見てください。
｜　NekoPaintの各バージョンについて　｜　猫ペイント(無印)と、猫ペイントQT(Cute)の違い　｜

編集(14) 保存(9) 定規(3) 塗り潰し(4) ショートカット(12) ブラシ(23) レイヤー(23) 描画(15) 選択(13) 表示(ビュー)(7)
スポイト(3) 模様(3) ウィンドウ(11) スクリプト(7) 文字(4) 漫画(7) グラデーション(1) その他(12) 番外編(15)

■ 作業中ファイルの自動保存 (保存)
■ ブラシ回転『進行方向・逆』　 (ブラシ)
■ 描画からアクティブレイヤー選択(key) (ショートカット,レイヤー,描画)

■ ツール一時切り替え（ツールシフト） (ショートカット)
■ ブラシ種類・色・レイヤーをショートカットで (ショートカット)
■ 特定の線を一本だけ選んで消去 (編集,描画,その他)

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●　作業中ファイルの自動保存　

メニューバーの「α」→「自動保存」で、５～20分のどれかにチェックを入れておくと、猫ペイント側で勝手に保存してくれます。
こまめに保存するのが苦手な人の強い味方です。
※ 猫ペイントがアクティブになっていなければ保存されません。

講座サイトなど：

●　ブラシ回転『進行方向・逆』　　

ブラシ設定で、回転『進行方向・逆』　を使うと、画像のようなひらめくリボンっぽい線がさくっと引けます。
ちなみに試用中は使えるけど自分で選べません。

講座サイトなど：

●　描画からアクティブレイヤー選択(key)　

key設定のどれかに「レイヤー選択(フォルダ内)」を設定すると使える機能です。
このショートカットキーを使うと、クリックした場所に描画があれば、そのレイヤーがアクティブレイヤーになります。
ただし、描画が重なっていると一番上のレイヤーが選択されます。
クリックではなく左ドラッグでも選択可能です。

講座サイトなど：

https://twitter.com/kt4sk/status/415215128909332480/

●　ツール一時切り替え（ツールシフト）　

メニューバーの「α(Y)」→「ツール一時切り替え」で設定できます。
「300」「500」は長押しで切り替わる時間の長さです。
※ ver1.36_script33　2013_1216版から追加された機能ですが、ショートカットがかなり不安定になります。2014/9/25に更新されたnpaint_temp4.zip以降を使ってください。
npaint_temp4.zipは参考URL先にあります。

講座サイトなど：

http://npaint.sakura.ne.jp/test/temp.html　／　http://koppe.iinaa.net/settei.htm#shortcut

●　ブラシ種類・色・レイヤーをショートカットで　

メニューバーの「ウィンドウ」→「キー設定2」
キー設定２(key設定2)は、ブラシや色、レイヤー名を記憶できます。
例えば『いつもレイヤー１に水色ペンで下書き』なら、別レイヤーで描いててもショートカットで即下書きを変更・修正できるようになります。
設定方法は参考URLを開いて、「キー設定2」をブラウザ検索してください。
たまにこのファイルが壊れて、猫ペイントが起動できないことがあるようです。
キー２を使われる場合、無事なうちにコピーして保管しておくと良いです。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/settei.htm#shortcut