こちらはツイッターまとめのNekoPaintの便利機能まとめから、検索などが使えるように改めて追加編集したものです。
お絵かきソフトでどんなことができるのかを知りたい方にも、参考にして頂ければと思います。
猫ペイントダウンロードサイト→ 最新テスト版（updateのみ）→　無印　 QT(Cute)
　
このサイトでは無印版を基準にしています。QT版にも対応しているかはアイコンを見てください。
｜　NekoPaintの各バージョンについて　｜　猫ペイント(無印)と、猫ペイントQT(Cute)の違い　｜

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■ 単色レイヤー (レイヤー,描画)
■ レイヤーの順番変更 (レイヤー)
■ キャンバスサイズ変更 (編集)

■ 違うファイルを並べて表示 (ウィンドウ,その他)
■ ウィンドウをまとめられる (ウィンドウ)
■ グレースケールもOK (その他)

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●　単色レイヤー　

どんな色を選んでも、単色（１色）でしか描画されないレイヤーを作れます。
1bitが二値で描ける単色レイヤー、8bitがアンチエイリアス有りの単色レイヤーです。
これらはそれぞれのレイヤーの種類とレイヤー色が一致していれば、bit レイヤーを維持したまま結合ができます。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/layer.htm#bit

●　レイヤーの順番変更　

レイヤーウィンドウで、動かしたいレイヤーのレイヤー名辺りをクリックし、クリックしたまま動かしてください。
目安として、赤いラインがでてきます。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/layer.htm

●　キャンバスサイズ変更　

メニューバーの「イメージ」→「キャンバスサイズ」で、サイズの追加や切り取り(マイナス)ができます。
切り取りはマイナスを付けた数値を入力すればできます。
※ 縮小・拡大の機能がなく、解像度(dpi)の変更もありません。（2014/10/25 現在)

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/byouga_kakusyuku.htm#tateyoko　／　http://nekop.seesaa.net/article/412234575.html

●　違うファイルを並べて表示　

キャンバス表示を、タブあり・なし選べます。
タブなしにすれば、複数のファイルを並べて見ながら作業できます。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/layout.htm

●　ウィンドウをまとめられる　

カスタムウィンドウを使うと、効率よくウィンドウの出し入れが可能になります。
常に表示したいウィンドウと、常には不要だけどそこそこ使うので閉じてしまうと面倒・・・というウィンドウを一緒にしてしまうと便利です。
小さいモニタで常時表示のウィンドウを増やしたくない人向け。
タブで表示を切り替えるだけなので、呼び出しの手間がありません。
纏まった状態でそのカスタムウィンドウを閉じたり開いたりできるのが、これまた有難いです。

講座サイトなど：

●　グレースケールもOK　

同梱されてるグレ猫（gureneko_script.exe）で、グレースケールファイルの読み書きが可能です。
色付きのブラシで描いても、自動的に色なしになります。
QT版はgureneko_qt.exeです。

講座サイトなど：

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- 管理者：猫使い -

● 単色レイヤー

● レイヤーの順番変更

● キャンバスサイズ変更

● 違うファイルを並べて表示

● ウィンドウをまとめられる

● グレースケールもOK

●　単色レイヤー　

●　レイヤーの順番変更　

●　キャンバスサイズ変更　

●　違うファイルを並べて表示　

●　ウィンドウをまとめられる　

●　グレースケールもOK　