こちらはツイッターまとめのNekoPaintの便利機能まとめから、検索などが使えるように改めて追加編集したものです。
お絵かきソフトでどんなことができるのかを知りたい方にも、参考にして頂ければと思います。
猫ペイントダウンロードサイト→ 最新テスト版（updateのみ）→　無印　 QT(Cute)
　
このサイトでは無印版を基準にしています。QT版にも対応しているかはアイコンを見てください。
｜　NekoPaintの各バージョンについて　｜　猫ペイント(無印)と、猫ペイントQT(Cute)の違い　｜

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■ ハーフトーン化スクリプト (スクリプト,漫画)
■ 表示レイヤーを結合 (レイヤー)
■ フリーズしたときの保存 (保存)

■ 同じキャンバスを表示 (表示(ビュー))
■ 拡縮回転が一気に出来る (表示(ビュー))
■ キャンバス回転など (表示(ビュー))

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●　ハーフトーン化スクリプト　

デフォルトにはありませんが、グレー画像をアミ点に変換できます。
いくつかスクリプトがありますので、リンク先でどんな違いがあるのか確認してください。

講座サイトなど：

http://nekop.seesaa.net/article/319459401.html

●　表示レイヤーを結合　

2014/10/25 現在、その機能はありませんが、代用は可能です。
フォルダを使っていれば、フォルダを選択した状態で「レイヤーを複製」を使うことで、中の結合レイヤーを作ることができます。
あとはスクリプト。リンク先がプログラムの配布先です。

講座サイトなど：

http://nekop.seesaa.net/article/278389331.html

●　フリーズしたときの保存　

エラーで通常保存が使えなくても、予備保存で保存可能なこともあります。

講座サイトなど：

●　同じキャンバスを表示　

メニューバーの　【ビュー】→【新規ビュー】をクリックすると、現在使用しているファイルと同じデータが開かれます。
二つは連動していますが、表示サイズだけは別になっています。
ドット絵のように拡大して作業するデータは、横に原寸表示を置いておけると確認が楽になります。

講座サイトなど：

●　拡縮回転が一気に出来る　

なめらかにキャンバス表示の拡縮回転が一気に出来る『マルチタッチ風』の画像説明です。
コツは設定したキーを押しながら少し離れた二箇所を選択時、二つ目でペンをタブから離さずちょっとだけドラッグ。
マルチタッチ風は、keyタブで設定したキーを押しながらそのまますぐドラッグでもいけるけれど、二点目を指定しつつドラッグの方が赤線が出るので、角度が把握できて微調整しやすいと思います。

講座サイトなど：