こちらはツイッターまとめのNekoPaintの便利機能まとめから、検索などが使えるように改めて追加編集したものです。
お絵かきソフトでどんなことができるのかを知りたい方にも、参考にして頂ければと思います。
猫ペイントダウンロードサイト→ 最新テスト版（updateのみ）→　無印　 QT(Cute)
　
このサイトでは無印版を基準にしています。QT版にも対応しているかはアイコンを見てください。
｜　NekoPaintの各バージョンについて　｜　猫ペイント(無印)と、猫ペイントQT(Cute)の違い　｜

編集(14) 保存(9) 定規(3) 塗り潰し(4) ショートカット(12) ブラシ(23) レイヤー(23) 描画(15) 選択(13) 表示(ビュー)(7)
スポイト(3) 模様(3) ウィンドウ(11) スクリプト(7) 文字(4) 漫画(7) グラデーション(1) その他(12) 番外編(15)

■ セットの有無 (レイヤー,スクリプト,漫画,番外編)
■ アクティブレイヤーのみ表示 (レイヤー)
■ レイヤーブレンドたくさん (レイヤー)

■ 二値化レイヤー (レイヤー,漫画)
■ レイヤー乾燥 (レイヤー)
■ レイヤーモード設定が消える (レイヤー,番外編)

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●　セットの有無　

主な違いは、ブラシ・テクスチャ画像とレイヤーモード、ブラシセットの登録、スクリプトの充実度です。
セット付きを無理に使う必要はなく、好みに合わせてお使いください。
尚、ＱＴ版ではレイヤーモードは追加できません。

講座サイトなど：

http://nekop.seesaa.net/category/7929855-1.html

●　アクティブレイヤーのみ表示　

メニューバーの「レイヤー」→「アクティブレイヤーのみ表示」(ショートカットN)で、キャンバスにアクティブレイヤーの内容のみが表示されます。
レイヤービューの置き場がなくとも、ショートカットキーで簡単に切り替えできるので助かります。

講座サイトなど：

●　レイヤーブレンドたくさん　

NekoPaint Set をダウンロードしていれば、色々なレイヤーブレンドが既に用意されています。
「セピア化」「グロー効果」「ディフュージョン加工」など、レイヤーモードの組み合わせで作ることができます。
参考URL先は、Set(ver.1)に入ってないレイヤーモードの配布ページです。

講座サイトなど：

http://nekop.seesaa.net/tag/articles/%83%8C%83C%83%84%81%5B%83u%83%8C%83%93%83h　／　http://koppe.iinaa.net/download/download.htm#layer_mode

●　二値化レイヤー　

グレーではなく、完全に黒と白の漫画原稿にしたいんだ！　という方、このレイヤーブレンドを使えばグレー部分はなくなります。
添付画像に「白い部分は透明」とありますが、これは修正版(リンク先)のものです。
NekoPaint Set に入ってる「２値化レイヤー」は、透明ではなく白になります。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/download/download.htm#layer_mode

●　レイヤー乾燥　

メニューバーの「レイヤー」→「乾燥」で、ショートカットは「A」です。
これは、下のレイヤーと結合したあと、新規レイヤーを作成してくれる機能です。
レイヤーモードは、通常と乗算は引き継いでくれます。あと、不透明度も。
ソフトによっては、「転写」とも呼ばれているようです。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/menubar.htm

●　レイヤーモード設定が消える　

保存後、開きなおしたらレイヤーモードの設定が消えていることがあります。
他ソフトにあって猫ペイントにないモードはどうしようもありません。
猫ペしか使ってなくても、RGB合成（青）は確実に消えます。理由はURL先。
他のモードでも稀に消えることがありますが、レイヤー数が多かったりファイルが重いときに起こってる気がします。処理が間に合ってないっぽい？？
重いファイルのときは、保険としてレイヤー名をモード名にしていると良いかもしれません。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/layer_blend_making.htm