こちらはツイッターまとめのNekoPaintの便利機能まとめから、検索などが使えるように改めて追加編集したものです。
お絵かきソフトでどんなことができるのかを知りたい方にも、参考にして頂ければと思います。
猫ペイントダウンロードサイト→ 最新テスト版（updateのみ）→　無印　 QT(Cute)
　
このサイトでは無印版を基準にしています。QT版にも対応しているかはアイコンを見てください。
｜　NekoPaintの各バージョンについて　｜　猫ペイント(無印)と、猫ペイントQT(Cute)の違い　｜

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■ 描画からアクティブレイヤー選択 (レイヤー,描画)
■ 色相変更をスライダーで (編集,レイヤー)
■ ハーフトーン化レイヤー (レイヤー,漫画)

■ レイヤーブレンドたくさん (レイヤー)
■ 二値化レイヤー (レイヤー,漫画)
■ レイヤーモード設定が消える (レイヤー,番外編)

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●　描画からアクティブレイヤー選択　

Ctrl＋右クリックで、カーソルが置かれた場所に描画があれば、描画されたレイヤーがリスト表示されます。
その中から移動したいレイヤー名を選ぶと、そこがアクティブになります。

講座サイトなど：

●　色相変更をスライダーで　

色相変更スライダーはレイヤープラグインをDLすると使えるようになります。
デフォルトの色相変更はスライダー式ではありませんが、レイヤーブレンドで可能になります。
元の画像を変更する必要はないので、やり直しが簡単です。

講座サイトなど：

http://nekop.seesaa.net/article/369262236.html

●　ハーフトーン化レイヤー　

デフォルトにはありませんが、グレー画像をアミ点に変換できます。
アミ点化レイヤーブレンドは 600dpi 50線のサイズです。
砂トーン化ブレンドは、目の大きさが２つあります。
配布サイト先からDLして使ってください。

講座サイトなど：

http://nekop.seesaa.net/article/316255000.html　／　http://nekop.seesaa.net/article/314958178.html

●　レイヤーブレンドたくさん　

NekoPaint Set をダウンロードしていれば、色々なレイヤーブレンドが既に用意されています。
「セピア化」「グロー効果」「ディフュージョン加工」など、レイヤーモードの組み合わせで作ることができます。
参考URL先は、Set(ver.1)に入ってないレイヤーモードの配布ページです。

講座サイトなど：

http://nekop.seesaa.net/tag/articles/%83%8C%83C%83%84%81%5B%83u%83%8C%83%93%83h　／　http://koppe.iinaa.net/download/download.htm#layer_mode

●　二値化レイヤー　

グレーではなく、完全に黒と白の漫画原稿にしたいんだ！　という方、このレイヤーブレンドを使えばグレー部分はなくなります。
添付画像に「白い部分は透明」とありますが、これは修正版(リンク先)のものです。
NekoPaint Set に入ってる「２値化レイヤー」は、透明ではなく白になります。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/download/download.htm#layer_mode

●　レイヤーモード設定が消える　

保存後、開きなおしたらレイヤーモードの設定が消えていることがあります。
他ソフトにあって猫ペイントにないモードはどうしようもありません。
猫ペしか使ってなくても、RGB合成（青）は確実に消えます。理由はURL先。
他のモードでも稀に消えることがありますが、レイヤー数が多かったりファイルが重いときに起こってる気がします。処理が間に合ってないっぽい？？
重いファイルのときは、保険としてレイヤー名をモード名にしていると良いかもしれません。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/layer_blend_making.htm