こちらはツイッターまとめのNekoPaintの便利機能まとめから、検索などが使えるように改めて追加編集したものです。
お絵かきソフトでどんなことができるのかを知りたい方にも、参考にして頂ければと思います。
猫ペイントダウンロードサイト→ 最新テスト版（updateのみ）→　無印　 QT(Cute)
　
このサイトでは無印版を基準にしています。QT版にも対応しているかはアイコンを見てください。
｜　NekoPaintの各バージョンについて　｜　猫ペイント(無印)と、猫ペイントQT(Cute)の違い　｜

編集(14) 保存(9) 定規(3) 塗り潰し(4) ショートカット(12) ブラシ(23) レイヤー(23) 描画(15) 選択(13) 表示(ビュー)(7)
スポイト(3) 模様(3) ウィンドウ(11) スクリプト(7) 文字(4) 漫画(7) グラデーション(1) その他(12) 番外編(15)

■ レイヤーブレンドたくさん (レイヤー)
■ 作業時の色設定 (定規,ブラシ,選択,その他)
■ 色ウィンドウの設定 (ウィンドウ)

■ ウィンドウ配置を登録可能 (ウィンドウ)
■ 二値化レイヤー (レイヤー,漫画)
■ 文字をブラシとして使える (文字)

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●　レイヤーブレンドたくさん　

NekoPaint Set をダウンロードしていれば、色々なレイヤーブレンドが既に用意されています。
「セピア化」「グロー効果」「ディフュージョン加工」など、レイヤーモードの組み合わせで作ることができます。
参考URL先は、Set(ver.1)に入ってないレイヤーモードの配布ページです。

講座サイトなど：

http://nekop.seesaa.net/tag/articles/%83%8C%83C%83%84%81%5B%83u%83%8C%83%93%83h　／　http://koppe.iinaa.net/download/download.htm#layer_mode

●　作業時の色設定　

色ウィンドウの▲部分にあります。
「選択範囲表示の色を変更」→選択ブラシで使われる色
「背景色を変更」→キャンバスの透明部分の色
「ブラシ円の色を変更」→ブラシのサイズのガイドの色
「定規の色を変更」→定規使用時のガイドの色
これらをクリックすると、そのとき設定されている色が適応されます。

講座サイトなど：

●　色ウィンドウの設定　

サイズの変更や、パレットのマス数の変更(最大16×16)が可能です。
QT版には設定がなく、ウィンドウの横幅次第でカラーサークルの大きさが変わる程度です。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/window.htm

●　ウィンドウ配置を登録可能　

メニューバーの「ウィンドウ」に、「レイアウト保存」と「レイアウト読み込み」があります。
(2014/10/22 現在の最新版では、設定項目６つ)
レイアウト保存しておけば、一時的にウィンドウを弄ってもすぐに戻すことが可能です。
ＱＴ版はqnp.iniが配置の記録ファイルです。
登録項目はありませんが、ＱＴ版を起動していないときに保管したqnp.iniを差し替えればレイアウトを戻せます。
無印はconfigフォルダ内の layout.cfg、
QTは qnp.ini を削除すると最初の配置になります。

講座サイトなど：