こちらはツイッターまとめのNekoPaintの便利機能まとめから、検索などが使えるように改めて追加編集したものです。
お絵かきソフトでどんなことができるのかを知りたい方にも、参考にして頂ければと思います。
猫ペイントダウンロードサイト→ 最新テスト版（updateのみ）→　無印　 QT(Cute)
　
このサイトでは無印版を基準にしています。QT版にも対応しているかはアイコンを見てください。
｜　NekoPaintの各バージョンについて　｜　猫ペイント(無印)と、猫ペイントQT(Cute)の違い　｜

編集(14) 保存(9) 定規(3) 塗り潰し(4) ショートカット(12) ブラシ(23) レイヤー(23) 描画(15) 選択(13) 表示(ビュー)(7)
スポイト(3) 模様(3) ウィンドウ(11) スクリプト(7) 文字(4) 漫画(7) グラデーション(1) その他(12) 番外編(15)

■ 特定の線を一本だけ選んで消去 (編集,描画,その他)
■ 模様が簡単 (描画,模様)
■ 起動中のショートカット変更 (ショートカット)

■ ショートカット変更 (ショートカット,スクリプト)
■ 矩形選択の色々 (選択)
■ 他ソフト(フリー)のPSD読み込み (番外編)

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●　特定の線を一本だけ選んで消去　

メニューバーの「α(Y)」の、「線消しゴムを使用する」にチェックを入れると使えるようになります。
１２３４の順に引かれた線で、３だけを消したい場合、シフトキー押しながら３の線をなぞると、こう消える。下書き向け。
保存して開き直した描画では機能しません。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/menubar.htm

●　模様が簡単　

回転対称ブラシでサクサク模様を描けます。
メニューバーの「ビュー」→「左右対称　軸」または「回転対称　中心」で、中心や軸を変更できます。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/moyou.htm#taisyou　／　http://dashineko.nyanta.jp/

●　起動中のショートカット変更　

「カスタムウィンドウのkey」
NekoPaint Set をダウンロードしていれば、ツールオプションのところにkeyがあります。
※ＱＴ版ではウィンドウのところに「key1」という名前であります。
keyは、○○を押している間のキー設定が可能です。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/settei.htm#shortcut　／　http://blackstraycat.nobody.jp/digitalillustration/nekopaint/nekopaint-shortcut.html

●　ショートカット変更　

config フォルダ内の key.txt に、ショートカット一覧があります。
key.txt だけで250以上の項目を設定できます。(自分で追加も必要)
猫ペを起動中だと、書き換えても反映されません。
テンキー設定はコッペパンさんのページで「テンキー」検索してください。
スクリプトのページには、スクリプト用のショートカットキー割り当て方法も載っています。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/settei.htm#shortcut　／　http://note.chiebukuro.yahoo.co.jp/detail/n220649

●　矩形選択の色々　

矩形選択ツールのツールオプションでは、楕円や曲線、多角形も選べます。
矩形と楕円は、shiftキーを押しながらドラッグすると、正方形・正円になります。
ベクターレイヤーを使っているなら、そのパスに沿って選択範囲を作ることも可能です。
alt+クリックで角の位置を修正。
sift+クリックで角を増やすことができる。
ctrl+クリック、又はEnterで描画確定。
曲線はスプライン曲線っぽいです。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/tool.htm　／　http://nekop.seesaa.net/article/371574610.html

●　他ソフト(フリー)のPSD読み込み　

フリーソフトで普通にダウンロード可能で、PSD保存できるものを見てみました。
チェック日 2014/12/20
お互いの保存したPSDファイルを読める→OK
フォルダ情報もやり取り可能→○　不可→×

PictBear SE 【NO】
FireAlpaca 【OK ○】
Artweaver Free 5 【OK ×】
AzDrawing2 【OK ×】
AzPainter2 【OK ×】 600dpi強制
krita 【OK ×】
Paint.NET RLE圧縮する【OK ×】
GIMP 【OK ×】
Pixia4・5・6 【OK ×】

フォルダが使えるソフトでも、独自形式でしか保存できないソフトが多いようです。
グループ化(クリッピングマスク)やレイヤーモードの確認はしてません。
お互いに同じ名前のモードがあっても、保管に互換性があるとは限らないので注意。
【フォルダありのデータをアルパカで保存の注意点】
アルパカ保存→猫ペで開いたとき、猫ペ無印のブラシセットからブラシを選択すると、選択してあるはずのレイヤーが解除されてしまいました。
ブラシにレイヤーも指定してあるか、レイヤーを指定できない2013/04/23以前のverならば無問題です。
フォルダの中身が見えなくなる場合、「通過」から違うモードに一旦変更すると見えるようになります。

講座サイトなど：

http://nekop.seesaa.net/article/392967507.html