こちらはツイッターまとめのNekoPaintの便利機能まとめから、検索などが使えるように改めて追加編集したものです。
お絵かきソフトでどんなことができるのかを知りたい方にも、参考にして頂ければと思います。
猫ペイントダウンロードサイト→ 最新テスト版（updateのみ）→　無印　 QT(Cute)
　
このサイトでは無印版を基準にしています。QT版にも対応しているかはアイコンを見てください。
｜　NekoPaintの各バージョンについて　｜　猫ペイント(無印)と、猫ペイントQT(Cute)の違い　｜

編集(14) 保存(9) 定規(3) 塗り潰し(4) ショートカット(12) ブラシ(23) レイヤー(23) 描画(15) 選択(13) 表示(ビュー)(7)
スポイト(3) 模様(3) ウィンドウ(11) スクリプト(7) 文字(4) 漫画(7) グラデーション(1) その他(12) 番外編(15)

■ 罠？ (ブラシ,番外編)
■ アクティブレイヤーの内容削除 (編集,ショートカット,レイヤー)
■ カーソル変更方法 (その他)

■ 袋文字（手書き）が書ける (ブラシ,文字,漫画)
■ 線画抽出がボタン１つ (編集,描画)
■ ブラシ種類・色・レイヤーをショートカットで (ショートカット)

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●　罠？　

テクスチャのトーン貼りで上手くいかないときや、ブラシ系以外のツールを使ったあとに、消しゴムが使えなくなったor設定が勝手に変わってることがあります。
Ctrl＋クリック　を消しゴムにしていると起こります。
ブラシ → バケツ → 設定変更　とすれば、設定変更がブラシに適応されます。
消しゴム → バケツ → 設定変更　とすれば、設定変更が消しゴムに適応されます。
ブラシ → バケツ → Ctrl+Z → Ctrlを押したときに消しゴムに→バケツに戻る。
このパターンで、意図せずに消しゴムの設定が変わってしまうことがあります。
そして、設定によっては消しゴムが利かなくなったようにも見えます。

講座サイトなど：

http://nekop.seesaa.net/article/144555490.html　／　http://nekop.seesaa.net/article/313184205.html

●　アクティブレイヤーの内容削除　

「Back Space」キーで、選択中のレイヤーの描画が全て消えます。
選択範囲の中だけを消したいときは、「Delete」キーを使ってください。

講座サイトなど：

●　カーソル変更方法　

「cursor」フォルダの中にカーソル用.curファイルがあります。
これらを差し替えることで、自分好みのカーソルにすることができます。
有志の十字型カーソルや◦自己主張しないカーソル、小さめカーソルなどは、リンク先でDLできます。
参考URLは２つまでなのでこっちにも。
http://candypaint.blog37.fc2.com/blog-entry-21.html　ロットリング風カーソル
http://dedemushi.blog.shinobi.jp/nekopaint%E3%81%AE%E3%83%A1%E3%83%A2/　白ふちカーソル

講座サイトなど：

http://wikiwiki.jp/nekope/?TIPS#f124cee3　／　http://ux.getuploader.com/Frog/download/66/Frog_66.zip

●　袋文字（手書き）が書ける　

NekoPaint Set をダウンロードしていれば、ブラシセットの中に袋文字のブラシがあります。
ただし、これは縁取りではなく、内側を透明にしてあるだけなのでご注意ください。
ブラシ設定の「境界サイズ」を変更することで、縁の太さを変更できます。

講座サイトなど：

●　線画抽出がボタン１つ　

白い部分と線画部分が重なっていて、線画だけにしたい場合です。
メニューバーの「レイヤー」→「線画抽出」で可能です。
黒(透明度の関係で灰色にも見える)１色になります。違う色にしたい場合は「透明保護」にチェックを入れてから目的の色で塗り潰すなどしてください。

講座サイトなど：

http://nekop.seesaa.net/article/310434216.html

●　ブラシ種類・色・レイヤーをショートカットで　

メニューバーの「ウィンドウ」→「キー設定2」
キー設定２(key設定2)は、ブラシや色、レイヤー名を記憶できます。
例えば『いつもレイヤー１に水色ペンで下書き』なら、別レイヤーで描いててもショートカットで即下書きを変更・修正できるようになります。
設定方法は参考URLを開いて、「キー設定2」をブラウザ検索してください。
たまにこのファイルが壊れて、猫ペイントが起動できないことがあるようです。
キー２を使われる場合、無事なうちにコピーして保管しておくと良いです。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/settei.htm#shortcut