こちらはツイッターまとめのNekoPaintの便利機能まとめから、検索などが使えるように改めて追加編集したものです。
お絵かきソフトでどんなことができるのかを知りたい方にも、参考にして頂ければと思います。
猫ペイントダウンロードサイト→ 最新テスト版（updateのみ）→　無印　 QT(Cute)
　
このサイトでは無印版を基準にしています。QT版にも対応しているかはアイコンを見てください。
｜　NekoPaintの各バージョンについて　｜　猫ペイント(無印)と、猫ペイントQT(Cute)の違い　｜

編集(14) 保存(9) 定規(3) 塗り潰し(4) ショートカット(12) ブラシ(23) レイヤー(23) 描画(15) 選択(13) 表示(ビュー)(7)
スポイト(3) 模様(3) ウィンドウ(11) スクリプト(7) 文字(4) 漫画(7) グラデーション(1) その他(12) 番外編(15)

■ レイヤー数制限なし (レイヤー)
■ レイヤーマスクで隠せます (レイヤー)
■ 単色レイヤー (レイヤー,描画)

■ レイヤーの順番変更 (レイヤー)
■ レイヤー左右・上下反転 (編集,レイヤー)

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●　レイヤー数制限なし　

スクリプトを使ってレイヤー数を確認したところ、レイヤー数687、フォルダ数173でした。
レイヤー数の制限はなさそうです。

講座サイトなど：

●　レイヤーマスクで隠せます　

メニューバーの「レイヤー」→「編集レイヤーマスク」で使えます。
透明の情報記録？　普通にレイヤーに描いて、追加で透明情報を記録できます。
そのレイヤー全て塗り潰しても、レイヤーマスクによって一部しか表示されないようになど。
使えると便利ですが、猫ペだとサムネがなかったりで、フォトショップほど使い易くはないので注意です。
レイヤービューと相性が悪いようです。
レイヤーマスクを編集するときは、レイヤービューは使わないほうが良いと思います。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/sentaku.htm#mask