こちらはツイッターまとめのNekoPaintの便利機能まとめから、検索などが使えるように改めて追加編集したものです。
お絵かきソフトでどんなことができるのかを知りたい方にも、参考にして頂ければと思います。
猫ペイントダウンロードサイト→ 最新テスト版（updateのみ）→　無印　 QT(Cute)
　
このサイトでは無印版を基準にしています。QT版にも対応しているかはアイコンを見てください。
｜　NekoPaintの各バージョンについて　｜　猫ペイント(無印)と、猫ペイントQT(Cute)の違い　｜

編集(14) 保存(9) 定規(3) 塗り潰し(4) ショートカット(12) ブラシ(23) レイヤー(23) 描画(15) 選択(13) 表示(ビュー)(7)
スポイト(3) 模様(3) ウィンドウ(11) スクリプト(7) 文字(4) 漫画(7) グラデーション(1) その他(12) 番外編(15)

■ 投げ縄と矩形選択でもaa選択 (選択)
■ レイヤー乾燥 (レイヤー)
■ ブラシセットをテキストファイルでやりとり (ブラシ)

■ 基本操作ショートカット (編集,ショートカット)
■ インストール不要の利点 (その他)
■ 作業時の見た目だけ左右・上下反転 (表示(ビュー))

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●　投げ縄と矩形選択でもaa選択　

投げ縄と矩形選択ツールで、アンチエイリアスの有無を選べます。
通常はaaありで、ドット絵のときにはaaなし、と、使い分けできます。
塗り潰し側だと、濃度やブラシテクスチャの設定も可能です。
尚、削除用への切り替えは、altキーを押してる間です。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/tool.htm

●　レイヤー乾燥　

メニューバーの「レイヤー」→「乾燥」で、ショートカットは「A」です。
これは、下のレイヤーと結合したあと、新規レイヤーを作成してくれる機能です。
レイヤーモードは、通常と乗算は引き継いでくれます。あと、不透明度も。
ソフトによっては、「転写」とも呼ばれているようです。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/menubar.htm

●　ブラシセットをテキストファイルでやりとり　

ブラシセットのデータは、config フォルダ brushset00.cfg～brushset09.cfg に保存されています。
.cfg 形式ですが、中身はテキストファイルです。
ブラシセットを残しておきたい、または配布したい場合は、該当ファイルをコピペして残しておけます。
(上から５番目は brushset04.cfg です)
他人のブラシセットデータをDLし登録したい場合は、番号に気をつけてリネームしてからファイルを上書きしてください。
無印版ならば、brush_set フォルダに入れると、ブラシセットウィンドウの▲から呼び出すことができます。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/burasi-2.htm#burasihozon

●　基本操作ショートカット　

「Ctrl＋C　コピー」「Ctrl＋V　ペースト(貼り付け)」「Ctrl＋X　切り取り」「Ctrl＋Z　取り消し」「Ctrl＋A　全体を選択」使えます。
ただし、コピーは選択範囲を作っていないとコピーされません。
ctrl + alt + ドラッグで　『ブラシのサイズ（太さ）変更』　ができます。
ctrl + クリック　を　消しゴムの設定にしているときは
　ctrl を押してから alt を押すと　消しゴムのサイズ変更
　alt を押してから ctrl を押すと　ブラシのサイズ変更　です。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/settei.htm#shortcut