こちらはツイッターまとめのNekoPaintの便利機能まとめから、検索などが使えるように改めて追加編集したものです。
お絵かきソフトでどんなことができるのかを知りたい方にも、参考にして頂ければと思います。
猫ペイントダウンロードサイト→ 最新テスト版（updateのみ）→　無印　 QT(Cute)
　
このサイトでは無印版を基準にしています。QT版にも対応しているかはアイコンを見てください。
｜　NekoPaintの各バージョンについて　｜　猫ペイント(無印)と、猫ペイントQT(Cute)の違い　｜

編集(14) 保存(9) 定規(3) 塗り潰し(4) ショートカット(12) ブラシ(23) レイヤー(23) 描画(15) 選択(13) 表示(ビュー)(7)
スポイト(3) 模様(3) ウィンドウ(11) スクリプト(7) 文字(4) 漫画(7) グラデーション(1) その他(12) 番外編(15)

■ 表示のアンチエイリアス (表示(ビュー))
■ アクティブレイヤーのみ表示 (レイヤー)
■ アクティブレイヤーのウィンドウ (ウィンドウ)

■ ナビゲーターのプレビューからズームや回転 (表示(ビュー),番外編)
■ 投げ縄ツールの選択の仕方 (ショートカット,選択)
■ 保存 (保存)

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●　表示のアンチエイリアス　

メニューバーの「ビュー」→「アンチエイリアス」
見た目のアンチエイリアス有無を選択可能です。
表示倍率によって滑らかさに差がでます。
高画質A・Bは、アンチエイリアス・オンと併用で、より滑らかになる気がします。
この設定が上手く保存されないときは、キャンバスを閉じてから猫ペを閉じてください。

講座サイトなど：

●　アクティブレイヤーのみ表示　

メニューバーの「レイヤー」→「アクティブレイヤーのみ表示」(ショートカットN)で、キャンバスにアクティブレイヤーの内容のみが表示されます。
レイヤービューの置き場がなくとも、ショートカットキーで簡単に切り替えできるので助かります。

講座サイトなど：

●　アクティブレイヤーのウィンドウ　

常にアクティブレイヤーの内容だけを表示するウィンドウがあります。
メニューバーの「ウィンドウ」→「レイヤービュー」
※ 作業ファイルを開いたあとでこのウィンドウを開くと、表示サイズが100％固定になります。
表示サイズと位置を連動させたい場合は、レイヤービューを用意してから作業ファイルを開いてください。（QT版は常に連動）

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/window.htm#layer_view

●　ナビゲーターのプレビューからズームや回転　

ナビゲーターウィンドウのプレビューの赤枠を使って、キャンバスのズームと角度が変更可能になります。
使うには、メニューバーの「ファイル」→「環境設定」でチェックを入れてください。

QT版では、設定ファイル(np.cfg)を直接弄るしかありません。
n30571=0　回転OFF　、　n30571=1　回転ON
n30570=0　ズームOFF　、　n30570=1　ズームON

デフォルトでは、ズーム機能ON、回転はOFFになっているようです。

講座サイトなど：

●　投げ縄ツールの選択の仕方　

2015/6/28に更新されたnpaint_temp6.zip　についた機能です。

投げ縄ツールで、シフトキーを押している間は、複数のストロークに分けて選択できるようになりました。
np.cfg で n10306=0 にすると、設定が解除されます。

講座サイトなど：

http://npaint.sakura.ne.jp/test/temp.html

●　保存　

レイヤーの情報を維持したまま保存できます。
ＱＴ版には保存形式のメニューがありません。
保存形式の指定がなければ、ファイル読み込み時の形式で保存されます。
ファイルを新規作成したときは、psd形式になります。

psdのみ解像度(dpi)を保持します。
他の保存形式は96dpiでの保存となります。
例えばJPGで保存後、そのファイルを猫ペイントで開くと600dpiと表示されますが、あれは間違いなので注意してください。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/menubar.htm