こちらはツイッターまとめのNekoPaintの便利機能まとめから、検索などが使えるように改めて追加編集したものです。
お絵かきソフトでどんなことができるのかを知りたい方にも、参考にして頂ければと思います。
猫ペイントダウンロードサイト→ 最新テスト版（updateのみ）→　無印　 QT(Cute)
　
このサイトでは無印版を基準にしています。QT版にも対応しているかはアイコンを見てください。
｜　NekoPaintの各バージョンについて　｜　猫ペイント(無印)と、猫ペイントQT(Cute)の違い　｜

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■ テスト版とは？ (番外編)
■ 線画でもブラシ画像は重要 (ブラシ)
■ レイヤーマスクで隠せます (レイヤー)

■ 単色レイヤー (レイヤー,描画)
■ 二値化レイヤー (レイヤー,漫画)
■ ハーフトーン化レイヤー (レイヤー,漫画)

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●　テスト版とは？　

猫ペイントの公式サイトにもある「テスト版」のページ、これは、機能が追加されたときに、一時的に用意されます。
新しい機能だと、致命的なバグが含まれていることもあるからです。
テスト版を使う方は、ツイッターなどでの情報収集がオススメです。

講座サイトなど：

●　線画でもブラシ画像は重要　

線画で、アンチエイリアスを使っていてもガタガタだなーと思ったら、ブラシ画像や間隔を変更してください。
リンク先では、「なめらか主線用ブラシ」が配布されています。

講座サイトなど：

http://kemamire.tumblr.com/tagged/%E3%83%96%E3%83%A9%E3%82%B7%E3%80%90%E4%B8%BB%E7%B7%9A%E3%80%91

●　レイヤーマスクで隠せます　

メニューバーの「レイヤー」→「編集レイヤーマスク」で使えます。
透明の情報記録？　普通にレイヤーに描いて、追加で透明情報を記録できます。
そのレイヤー全て塗り潰しても、レイヤーマスクによって一部しか表示されないようになど。
使えると便利ですが、猫ペだとサムネがなかったりで、フォトショップほど使い易くはないので注意です。
レイヤービューと相性が悪いようです。
レイヤーマスクを編集するときは、レイヤービューは使わないほうが良いと思います。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/sentaku.htm#mask