こちらはツイッターまとめのNekoPaintの便利機能まとめから、検索などが使えるように改めて追加編集したものです。
お絵かきソフトでどんなことができるのかを知りたい方にも、参考にして頂ければと思います。
猫ペイントダウンロードサイト→ 最新テスト版（updateのみ）→　無印　 QT(Cute)
　
このサイトでは無印版を基準にしています。QT版にも対応しているかはアイコンを見てください。
｜　NekoPaintの各バージョンについて　｜　猫ペイント(無印)と、猫ペイントQT(Cute)の違い　｜

編集(14) 保存(9) 定規(3) 塗り潰し(4) ショートカット(12) ブラシ(23) レイヤー(23) 描画(15) 選択(13) 表示(ビュー)(7)
スポイト(3) 模様(3) ウィンドウ(11) スクリプト(7) 文字(4) 漫画(7) グラデーション(1) その他(12) 番外編(15)

■ レイヤー判定がある (塗り潰し,レイヤー,選択)
■ テキスト登録 (文字)
■ スタンプ風 (ブラシ,描画)

■ ショートカット変更ツール (ショートカット,番外編)
■ 選択範囲をブラシで作れる (ブラシ,選択)
■ カラーリストは忘れても平気 (ウィンドウ)

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●　レイヤー判定がある　

基本、アクティブ(指定)レイヤーと判定レイヤーは同じですが、別のレイヤーを判定してくれる機能があります。

講座サイトなど：

●　テキスト登録　

configフォルダ内の brushtext.txt に、よく使う文字を登録しておけます。
ブラシテキストがどこにあるのか分からない方は、ブラシサンプルの横の「-」をクリックしてください。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/text.htm

●　スタンプ風　

ブラシ画像をスタンプのように使えます。

講座サイトなど：

●　ショートカット変更ツール　

有志製作の、key.txt編集ソフトです。
設定しようとしたキーが他で使われていたら教えてくれます。
配布ＵＲＬはリンク先です。

QT版だけど使いたい！という場合は、無印をDLしてからこのソフトを使い、configフォルダの中からkey.txtをコピーして、QT側にペーストするしかないです。

講座サイトなど：

http://ux.getuploader.com/Frog/download/72/Frog_72.zip

●　選択範囲をブラシで作れる　

ブラシで塗った場所が、選択範囲になる機能です。
投げ縄ツールだと使い難い人はこちらが良いかもです。
範囲を削りたいときは、「選択消しゴムツール」があります。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/tool.htm

●　カラーリストは忘れても平気　

カラーパレットに色を登録したけど、これってなんの色だっけ？ということもあるかと思います。
そんな時にはカラーリスト。config フォルダの中に col.txt があります。
自分で編集できるので、ブレザー抹茶ベース @111 164 124　とでも記入すれば、見本画像のように使えるようになります。
無印猫ペでは、メニューバーの「ウィンドウ」→「パネル２」か、タブにあります。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/window.htm