こちらはツイッターまとめのNekoPaintの便利機能まとめから、検索などが使えるように改めて追加編集したものです。
お絵かきソフトでどんなことができるのかを知りたい方にも、参考にして頂ければと思います。
猫ペイントダウンロードサイト→ 最新テスト版（updateのみ）→　無印　 QT(Cute)
　
このサイトでは無印版を基準にしています。QT版にも対応しているかはアイコンを見てください。
｜　NekoPaintの各バージョンについて　｜　猫ペイント(無印)と、猫ペイントQT(Cute)の違い　｜

編集(14) 保存(9) 定規(3) 塗り潰し(4) ショートカット(12) ブラシ(23) レイヤー(23) 描画(15) 選択(13) 表示(ビュー)(7)
スポイト(3) 模様(3) ウィンドウ(11) スクリプト(7) 文字(4) 漫画(7) グラデーション(1) その他(12) 番外編(15)

■ 右クリックでスポイト (スポイト)
■ 模様が簡単 (描画,模様)
■ 起動中のショートカット変更 (ショートカット)

■ ショートカット変更 (ショートカット,スクリプト)
■ レイヤー内の描画部分を選択 (レイヤー,選択)
■ まとめて移動 (編集,レイヤー,選択)

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●　右クリックでスポイト　

スポイトツールに切り替えなくても、右クリックするとそのときカーソルの下にある色を拾ってくれます。
スポイトツールで選択中の設定のまま使用可能です。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/tool.htm

●　模様が簡単　

回転対称ブラシでサクサク模様を描けます。
メニューバーの「ビュー」→「左右対称　軸」または「回転対称　中心」で、中心や軸を変更できます。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/moyou.htm#taisyou　／　http://dashineko.nyanta.jp/

●　起動中のショートカット変更　

「カスタムウィンドウのkey」
NekoPaint Set をダウンロードしていれば、ツールオプションのところにkeyがあります。
※ＱＴ版ではウィンドウのところに「key1」という名前であります。
keyは、○○を押している間のキー設定が可能です。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/settei.htm#shortcut　／　http://blackstraycat.nobody.jp/digitalillustration/nekopaint/nekopaint-shortcut.html

●　ショートカット変更　

config フォルダ内の key.txt に、ショートカット一覧があります。
key.txt だけで250以上の項目を設定できます。(自分で追加も必要)
猫ペを起動中だと、書き換えても反映されません。
テンキー設定はコッペパンさんのページで「テンキー」検索してください。
スクリプトのページには、スクリプト用のショートカットキー割り当て方法も載っています。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/settei.htm#shortcut　／　http://note.chiebukuro.yahoo.co.jp/detail/n220649

●　レイヤー内の描画部分を選択　

Ctrl または Alt を押しながら、レイヤーウィンドウのサムネイルをクリックすると、そのレイヤーの描画部分を選択できます。

2015/7/26に更新されたnpaint_temp8.zip　では、レイヤーサムネイルをCTRL+ALT+クリックで、選択領域からレイヤーの不透明部分を削除できるようになりました。

講座サイトなど：

●　まとめて移動　

フォルダを選択した状態で「移動ツール」を使うと、フォルダ内のものを纏めて移動できます。
部分選択した状態で、そこだけ移動させることも可能です。

※フォルダのモードが「通過」だと使えないので注意してください。
猫ペのバージョンによっては、デフォルトが通過になっています。
npconfigフォルダ内の npconfig.exe を起動すると、デフォルトを通常or通過で選べます。
猫ペイントを起動していないときに設定変更してください。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/layer.htm#folder