こちらはツイッターまとめのNekoPaintの便利機能まとめから、検索などが使えるように改めて追加編集したものです。
お絵かきソフトでどんなことができるのかを知りたい方にも、参考にして頂ければと思います。
猫ペイントダウンロードサイト→ 最新テスト版（updateのみ）→　無印　 QT(Cute)
　
このサイトでは無印版を基準にしています。QT版にも対応しているかはアイコンを見てください。
｜　NekoPaintの各バージョンについて　｜　猫ペイント(無印)と、猫ペイントQT(Cute)の違い　｜

編集(14) 保存(9) 定規(3) 塗り潰し(4) ショートカット(12) ブラシ(23) レイヤー(23) 描画(15) 選択(13) 表示(ビュー)(7)
スポイト(3) 模様(3) ウィンドウ(11) スクリプト(7) 文字(4) 漫画(7) グラデーション(1) その他(12) 番外編(15)

■ 矩形選択の色々 (選択)
■ パス描画 (描画)
■ 他ソフト(フリー)のPSD読み込み (番外編)

■ レイヤーモード設定が消える (レイヤー,番外編)
■ 保存 (保存)
■ 塗り潰し (塗り潰し)

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●　矩形選択の色々　

矩形選択ツールのツールオプションでは、楕円や曲線、多角形も選べます。
矩形と楕円は、shiftキーを押しながらドラッグすると、正方形・正円になります。
ベクターレイヤーを使っているなら、そのパスに沿って選択範囲を作ることも可能です。
alt+クリックで角の位置を修正。
sift+クリックで角を増やすことができる。
ctrl+クリック、又はEnterで描画確定。
曲線はスプライン曲線っぽいです。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/tool.htm　／　http://nekop.seesaa.net/article/371574610.html

●　パス描画　

ブラシツールのツールオプションで選択できます。
多少の編集も可能ですが、パスの保存はできません。描画決定した時点で消えます。
ラインは表示されますが、ポイントがないので細かい編集には不向きです。
細かい作業なら、ベクターレイヤーが良いと思います。
曲線修正は
alt+クリックで曲線のパスの位置を修正。
shift+クリックで曲線のパスを追加。
曲線はスプライン曲線っぽいです。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/tool.htm

●　他ソフト(フリー)のPSD読み込み　

フリーソフトで普通にダウンロード可能で、PSD保存できるものを見てみました。
チェック日 2014/12/20
お互いの保存したPSDファイルを読める→OK
フォルダ情報もやり取り可能→○　不可→×

PictBear SE 【NO】
FireAlpaca 【OK ○】
Artweaver Free 5 【OK ×】
AzDrawing2 【OK ×】
AzPainter2 【OK ×】 600dpi強制
krita 【OK ×】
Paint.NET RLE圧縮する【OK ×】
GIMP 【OK ×】
Pixia4・5・6 【OK ×】

フォルダが使えるソフトでも、独自形式でしか保存できないソフトが多いようです。
グループ化(クリッピングマスク)やレイヤーモードの確認はしてません。
お互いに同じ名前のモードがあっても、保管に互換性があるとは限らないので注意。
【フォルダありのデータをアルパカで保存の注意点】
アルパカ保存→猫ペで開いたとき、猫ペ無印のブラシセットからブラシを選択すると、選択してあるはずのレイヤーが解除されてしまいました。
ブラシにレイヤーも指定してあるか、レイヤーを指定できない2013/04/23以前のverならば無問題です。
フォルダの中身が見えなくなる場合、「通過」から違うモードに一旦変更すると見えるようになります。

講座サイトなど：

http://nekop.seesaa.net/article/392967507.html

●　レイヤーモード設定が消える　

保存後、開きなおしたらレイヤーモードの設定が消えていることがあります。
他ソフトにあって猫ペイントにないモードはどうしようもありません。
猫ペしか使ってなくても、RGB合成（青）は確実に消えます。理由はURL先。
他のモードでも稀に消えることがありますが、レイヤー数が多かったりファイルが重いときに起こってる気がします。処理が間に合ってないっぽい？？
重いファイルのときは、保険としてレイヤー名をモード名にしていると良いかもしれません。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/layer_blend_making.htm

●　保存　

レイヤーの情報を維持したまま保存できます。
ＱＴ版には保存形式のメニューがありません。
保存形式の指定がなければ、ファイル読み込み時の形式で保存されます。
ファイルを新規作成したときは、psd形式になります。

psdのみ解像度(dpi)を保持します。
他の保存形式は96dpiでの保存となります。
例えばJPGで保存後、そのファイルを猫ペイントで開くと600dpiと表示されますが、あれは間違いなので注意してください。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/menubar.htm