こちらはツイッターまとめのNekoPaintの便利機能まとめから、検索などが使えるように改めて追加編集したものです。
お絵かきソフトでどんなことができるのかを知りたい方にも、参考にして頂ければと思います。
猫ペイントダウンロードサイト→ 最新テスト版（updateのみ）→　無印　 QT(Cute)
　
このサイトでは無印版を基準にしています。QT版にも対応しているかはアイコンを見てください。
｜　NekoPaintの各バージョンについて　｜　猫ペイント(無印)と、猫ペイントQT(Cute)の違い　｜

編集(14) 保存(9) 定規(3) 塗り潰し(4) ショートカット(12) ブラシ(23) レイヤー(23) 描画(15) 選択(13) 表示(ビュー)(7)
スポイト(3) 模様(3) ウィンドウ(11) スクリプト(7) 文字(4) 漫画(7) グラデーション(1) その他(12) 番外編(15)

■ ブラシ種類・色・レイヤーをショートカットで (ショートカット)
■ 四角や丸、直線をツールで描ける (描画)
■ 特定の線を一本だけ選んで消去 (編集,描画,その他)

■ 描画ファイル以外からもスポイト (スポイト)
■ アクティブレイヤーの色だけスポイト (スポイト)
■ 描画からアクティブレイヤー選択 (レイヤー,描画)

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●　ブラシ種類・色・レイヤーをショートカットで　

メニューバーの「ウィンドウ」→「キー設定2」
キー設定２(key設定2)は、ブラシや色、レイヤー名を記憶できます。
例えば『いつもレイヤー１に水色ペンで下書き』なら、別レイヤーで描いててもショートカットで即下書きを変更・修正できるようになります。
設定方法は参考URLを開いて、「キー設定2」をブラウザ検索してください。
たまにこのファイルが壊れて、猫ペイントが起動できないことがあるようです。
キー２を使われる場合、無事なうちにコピーして保管しておくと良いです。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/settei.htm#shortcut

●　四角や丸、直線をツールで描ける　

ブラシツールを選んでから、ツールオプションで選択します。
猫ペイントには定規機能もありますが、少し描きたいだけならばオプションで十分だと思います。
shiftキーを押しながらだと、直線は45度間隔に、楕円と矩形は円と正方形になります。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/tool.htm

●　特定の線を一本だけ選んで消去　

メニューバーの「α(Y)」の、「線消しゴムを使用する」にチェックを入れると使えるようになります。
１２３４の順に引かれた線で、３だけを消したい場合、シフトキー押しながら３の線をなぞると、こう消える。下書き向け。
保存して開き直した描画では機能しません。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/menubar.htm

●　描画ファイル以外からもスポイト　

スポイト設定をスクリーンにすると、デスクトップに表示されている物ならどこからでも色を取得できます。
キャンバス内でクリックしたまま、スポイトしたい場所まで動かしてください。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/tool.htm

●　アクティブレイヤーの色だけスポイト　

スポイトの設定で「アクティブレイヤー」を選んでいると、透明度を無視した色を拾ってくれます。
例えば、黒で塗ってるけどレイヤーの不透明度が下がってる場合は、灰色に見えます。
「すべてのレイヤー」だとその灰色がスポイトされますが、「アクティブレイヤー」だと黒がスポイトされます。

2016年５月 npaint_temp11b.zip から追加。
npconfig フォルダ内の npconfig.exe で「透明色をスポイト」にチェックを入れると、描画のない部分で透明色が選択できるようになりました。
猫ペイントを起動していないときに設定変更してください。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/tool.htm