こちらはツイッターまとめのNekoPaintの便利機能まとめから、検索などが使えるように改めて追加編集したものです。
お絵かきソフトでどんなことができるのかを知りたい方にも、参考にして頂ければと思います。
猫ペイントダウンロードサイト→ 最新テスト版（updateのみ）→　無印　 QT(Cute)
　
このサイトでは無印版を基準にしています。QT版にも対応しているかはアイコンを見てください。
｜　NekoPaintの各バージョンについて　｜　猫ペイント(無印)と、猫ペイントQT(Cute)の違い　｜

編集(14) 保存(9) 定規(3) 塗り潰し(4) ショートカット(12) ブラシ(23) レイヤー(23) 描画(15) 選択(13) 表示(ビュー)(7)
スポイト(3) 模様(3) ウィンドウ(11) スクリプト(7) 文字(4) 漫画(7) グラデーション(1) その他(12) 番外編(15)

■ 描画からアクティブレイヤー選択(key) (ショートカット,レイヤー,描画)
■ 袋文字（手書き）が書ける (ブラシ,文字,漫画)
■ 初期キャンバスサイズの登録 (その他)

■ ウィンドウ配置を登録可能 (ウィンドウ)
■ ツール一時切り替え（ツールシフト） (ショートカット)
■ 線画抽出がボタン１つ (編集,描画)

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●　描画からアクティブレイヤー選択(key)　

key設定のどれかに「レイヤー選択(フォルダ内)」を設定すると使える機能です。
このショートカットキーを使うと、クリックした場所に描画があれば、そのレイヤーがアクティブレイヤーになります。
ただし、描画が重なっていると一番上のレイヤーが選択されます。
クリックではなく左ドラッグでも選択可能です。

講座サイトなど：

https://twitter.com/kt4sk/status/415215128909332480/

●　袋文字（手書き）が書ける　

NekoPaint Set をダウンロードしていれば、ブラシセットの中に袋文字のブラシがあります。
ただし、これは縁取りではなく、内側を透明にしてあるだけなのでご注意ください。
ブラシ設定の「境界サイズ」を変更することで、縁の太さを変更できます。

講座サイトなど：

●　初期キャンバスサイズの登録　

configフォルダ内の preset_sizes.txt で、任意のサイズ(プリセットサイズ)を登録できます。
例： 4961 x 7016 600dpi A4
解像度(dpi)も設定できますが、PSD以外で保存すると96dpiに変更されます。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/settei.htm#sonota

●　ウィンドウ配置を登録可能　

メニューバーの「ウィンドウ」に、「レイアウト保存」と「レイアウト読み込み」があります。
(2014/10/22 現在の最新版では、設定項目６つ)
レイアウト保存しておけば、一時的にウィンドウを弄ってもすぐに戻すことが可能です。
ＱＴ版はqnp.iniが配置の記録ファイルです。
登録項目はありませんが、ＱＴ版を起動していないときに保管したqnp.iniを差し替えればレイアウトを戻せます。
無印はconfigフォルダ内の layout.cfg、
QTは qnp.ini を削除すると最初の配置になります。

講座サイトなど：

●　ツール一時切り替え（ツールシフト）　

メニューバーの「α(Y)」→「ツール一時切り替え」で設定できます。
「300」「500」は長押しで切り替わる時間の長さです。
※ ver1.36_script33　2013_1216版から追加された機能ですが、ショートカットがかなり不安定になります。2014/9/25に更新されたnpaint_temp4.zip以降を使ってください。
npaint_temp4.zipは参考URL先にあります。

講座サイトなど：

http://npaint.sakura.ne.jp/test/temp.html　／　http://koppe.iinaa.net/settei.htm#shortcut