こちらはツイッターまとめのNekoPaintの便利機能まとめから、検索などが使えるように改めて追加編集したものです。
お絵かきソフトでどんなことができるのかを知りたい方にも、参考にして頂ければと思います。
猫ペイントダウンロードサイト→ 最新テスト版（updateのみ）→　無印　 QT(Cute)
　
このサイトでは無印版を基準にしています。QT版にも対応しているかはアイコンを見てください。
｜　NekoPaintの各バージョンについて　｜　猫ペイント(無印)と、猫ペイントQT(Cute)の違い　｜

編集(14) 保存(9) 定規(3) 塗り潰し(4) ショートカット(12) ブラシ(23) レイヤー(23) 描画(15) 選択(13) 表示(ビュー)(7)
スポイト(3) 模様(3) ウィンドウ(11) スクリプト(7) 文字(4) 漫画(7) グラデーション(1) その他(12) 番外編(15)

■ バックアップファイル保存 (保存)
■ 作業中ファイルの自動保存 (保存)
■ バケツと自動選択の拡張設定 (塗り潰し,選択)

■ ブラシやテクスチャの画像 (ブラシ,その他)
■ インストール不要の利点 (その他)
■ 画像変形 (編集)

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●　バックアップファイル保存　

作業中のデータを、間違えて上書きして戻せなくなったときに役に立ちます。
~~自動保存とは違い、バックアップファイルの解除設定はありません。~~
psd か apd のファイルで上書き保存するとき、一旦ファイルが複製され、.bak 形式で保存されます。
※ 作業ファイルと同じ場所にあります。
このバックアップファイルを使いたい場合は、ファイル名の .bak を削ってください。

2016年５月 npaint_temp11b.zip から追加。
npconfigフォルダ内の npconfig.exe を起動して、「bakファイ作成」のチェックを外すと解除できるようになりました。
bakファイルの保存場所を選ぶことも可能です。
猫ペイントを起動していないときに設定変更してください。

講座サイトなど：

●　作業中ファイルの自動保存　

メニューバーの「α」→「自動保存」で、５～20分のどれかにチェックを入れておくと、猫ペイント側で勝手に保存してくれます。
こまめに保存するのが苦手な人の強い味方です。
※ 猫ペイントがアクティブになっていなければ保存されません。

講座サイトなど：

●　バケツと自動選択の拡張設定　

バケツや自動選択で、色の範囲、選択範囲の拡大・隣接設定・アンチエイリアスの有無、隙間を閉じるか否かなどが選べます。
隙間を閉じる機能は、オフにしていてもshift+クリックで一時的にオンに出来ます。
※ QT版のバケツツールではテクスチャが利きません。（2014/10/23 現在）

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/tool.htm

●　ブラシやテクスチャの画像　

ブラシ画像は「brush_bitmap」フォルダに。テクスチャ画像は「texture」フォルダに。
猫ペを起動してない状態で、bmp形式かpng形式でフォルダに入れるだけです。
ブラシ画像は正方形での判定と決まってますが、テクスチャは長方形でも可。
ブラシ・テクスチャフォルダの中に「自分で追加（好きな名前）」フォルダを作って、その中に画像を入れることもできます。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/settei2.htm#texture