こちらはツイッターまとめのNekoPaintの便利機能まとめから、検索などが使えるように改めて追加編集したものです。
お絵かきソフトでどんなことができるのかを知りたい方にも、参考にして頂ければと思います。
猫ペイントダウンロードサイト→ 最新テスト版（updateのみ）→　無印　 QT(Cute)
　
このサイトでは無印版を基準にしています。QT版にも対応しているかはアイコンを見てください。
｜　NekoPaintの各バージョンについて　｜　猫ペイント(無印)と、猫ペイントQT(Cute)の違い　｜

編集(14) 保存(9) 定規(3) 塗り潰し(4) ショートカット(12) ブラシ(23) レイヤー(23) 描画(15) 選択(13) 表示(ビュー)(7)
スポイト(3) 模様(3) ウィンドウ(11) スクリプト(7) 文字(4) 漫画(7) グラデーション(1) その他(12) 番外編(15)

■ ブラシセットをテキストファイルでやりとり (ブラシ)
■ アクティブレイヤーの内容削除 (編集,ショートカット,レイヤー)
■ アクティブレイヤーのみ表示 (レイヤー)

■ アクティブレイヤーのウィンドウ (ウィンドウ)
■ カーソル変更方法 (その他)
■ ツールボックスアイコン (ウィンドウ)

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●　ブラシセットをテキストファイルでやりとり　

ブラシセットのデータは、config フォルダ brushset00.cfg～brushset09.cfg に保存されています。
.cfg 形式ですが、中身はテキストファイルです。
ブラシセットを残しておきたい、または配布したい場合は、該当ファイルをコピペして残しておけます。
(上から５番目は brushset04.cfg です)
他人のブラシセットデータをDLし登録したい場合は、番号に気をつけてリネームしてからファイルを上書きしてください。
無印版ならば、brush_set フォルダに入れると、ブラシセットウィンドウの▲から呼び出すことができます。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/burasi-2.htm#burasihozon

●　アクティブレイヤーの内容削除　

「Back Space」キーで、選択中のレイヤーの描画が全て消えます。
選択範囲の中だけを消したいときは、「Delete」キーを使ってください。

講座サイトなど：

●　アクティブレイヤーのみ表示　

メニューバーの「レイヤー」→「アクティブレイヤーのみ表示」(ショートカットN)で、キャンバスにアクティブレイヤーの内容のみが表示されます。
レイヤービューの置き場がなくとも、ショートカットキーで簡単に切り替えできるので助かります。

講座サイトなど：

●　アクティブレイヤーのウィンドウ　

常にアクティブレイヤーの内容だけを表示するウィンドウがあります。
メニューバーの「ウィンドウ」→「レイヤービュー」
※ 作業ファイルを開いたあとでこのウィンドウを開くと、表示サイズが100％固定になります。
表示サイズと位置を連動させたい場合は、レイヤービューを用意してから作業ファイルを開いてください。（QT版は常に連動）

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/window.htm#layer_view

●　カーソル変更方法　

「cursor」フォルダの中にカーソル用.curファイルがあります。
これらを差し替えることで、自分好みのカーソルにすることができます。
有志の十字型カーソルや◦自己主張しないカーソル、小さめカーソルなどは、リンク先でDLできます。
参考URLは２つまでなのでこっちにも。
http://candypaint.blog37.fc2.com/blog-entry-21.html　ロットリング風カーソル
http://dedemushi.blog.shinobi.jp/nekopaint%E3%81%AE%E3%83%A1%E3%83%A2/　白ふちカーソル

講座サイトなど：

http://wikiwiki.jp/nekope/?TIPS#f124cee3　／　http://ux.getuploader.com/Frog/download/66/Frog_66.zip