こちらはツイッターまとめのNekoPaintの便利機能まとめから、検索などが使えるように改めて追加編集したものです。
お絵かきソフトでどんなことができるのかを知りたい方にも、参考にして頂ければと思います。
猫ペイントダウンロードサイト→ 最新テスト版（updateのみ）→　無印　 QT(Cute)
　
このサイトでは無印版を基準にしています。QT版にも対応しているかはアイコンを見てください。
｜　NekoPaintの各バージョンについて　｜　猫ペイント(無印)と、猫ペイントQT(Cute)の違い　｜

編集(14) 保存(9) 定規(3) 塗り潰し(4) ショートカット(12) ブラシ(23) レイヤー(23) 描画(15) 選択(13) 表示(ビュー)(7)
スポイト(3) 模様(3) ウィンドウ(11) スクリプト(7) 文字(4) 漫画(7) グラデーション(1) その他(12) 番外編(15)

■ 起動中のショートカット変更 (ショートカット)
■ ショートカット変更 (ショートカット,スクリプト)
■ 投げ縄ツールの選択の仕方 (ショートカット,選択)

■ 戻る（取り消し）はないの？ (ショートカット)
■ 基本操作ショートカット (編集,ショートカット)
■ 名前変更のショートカット切り替え (ショートカット)

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●　起動中のショートカット変更　

「カスタムウィンドウのkey」
NekoPaint Set をダウンロードしていれば、ツールオプションのところにkeyがあります。
※ＱＴ版ではウィンドウのところに「key1」という名前であります。
keyは、○○を押している間のキー設定が可能です。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/settei.htm#shortcut　／　http://blackstraycat.nobody.jp/digitalillustration/nekopaint/nekopaint-shortcut.html

●　ショートカット変更　

config フォルダ内の key.txt に、ショートカット一覧があります。
key.txt だけで250以上の項目を設定できます。(自分で追加も必要)
猫ペを起動中だと、書き換えても反映されません。
テンキー設定はコッペパンさんのページで「テンキー」検索してください。
スクリプトのページには、スクリプト用のショートカットキー割り当て方法も載っています。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/settei.htm#shortcut　／　http://note.chiebukuro.yahoo.co.jp/detail/n220649

●　投げ縄ツールの選択の仕方　

2015/6/28に更新されたnpaint_temp6.zip　についた機能です。

投げ縄ツールで、シフトキーを押している間は、複数のストロークに分けて選択できるようになりました。
np.cfg で n10306=0 にすると、設定が解除されます。

講座サイトなど：

http://npaint.sakura.ne.jp/test/temp.html

●　戻る（取り消し）はないの？　

Undo ctrl + z　「元に戻す（取り消し）」も、Redo ctrl + shift + z 「やり直し(再びする)」もできます。
ただしアイコンは無印にはありません。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/settei.htm#shortcut

●　基本操作ショートカット　

「Ctrl＋C　コピー」「Ctrl＋V　ペースト(貼り付け)」「Ctrl＋X　切り取り」「Ctrl＋Z　取り消し」「Ctrl＋A　全体を選択」使えます。
ただし、コピーは選択範囲を作っていないとコピーされません。
ctrl + alt + ドラッグで　『ブラシのサイズ（太さ）変更』　ができます。
ctrl + クリック　を　消しゴムの設定にしているときは
　ctrl を押してから alt を押すと　消しゴムのサイズ変更
　alt を押してから ctrl を押すと　ブラシのサイズ変更　です。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/settei.htm#shortcut

●　名前変更のショートカット切り替え　

2015/6/29に更新されたnpaint_temp7.zip　についた機能です。
デフォルトではレイヤーやブラシセットウィンドウの上でダブルクリックをすると名前変更ウィンドウがでますが、違うショートカットへ切り替えが可能になりました。

レイヤーをCTRL+右クリックでダブルクリックの有効無効切り替え
レイヤーをCTRL+SHIFT+クリックまたはALT+クリックで名前変更
ブラシセットでCTRL+クリックで名前変更を廃止
ブラシセットでCTRL+SHIFT+クリックまたはALT+クリックで名前変更

講座サイトなど：

http://npaint.sakura.ne.jp/test/temp.html