こちらはツイッターまとめのNekoPaintの便利機能まとめから、検索などが使えるように改めて追加編集したものです。
お絵かきソフトでどんなことができるのかを知りたい方にも、参考にして頂ければと思います。
猫ペイントダウンロードサイト→ 最新テスト版（updateのみ）→　無印 　QT(Cute)
　
このサイトでは無印版を基準にしています。QT版にも対応しているかはアイコンを見てください。
｜　NekoPaintの各バージョンについて　｜　猫ペイント(無印)と、猫ペイントQT(Cute)の違い　｜

編集(14) 保存(9) 定規(3) 塗り潰し(4) ショートカット(12) ブラシ(23) レイヤー(23) 描画(15) 選択(13) 表示(ビュー)(7)
スポイト(3) 模様(3) ウィンドウ(11) スクリプト(7) 文字(4) 漫画(7) グラデーション(1) その他(12) 番外編(15)
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■ 線を描いたあと変形できるベクター (編集,ブラシ,レイヤー)
■ はみ出してるけどはみ出てない (レイヤー,描画)
■ 描画からアクティブレイヤー選択(key) (ショートカット,レイヤー,描画)
 ■ セットの有無 (レイヤー,スクリプト,漫画,番外編)
■ アクティブレイヤーのみ表示 (レイヤー)
■ レイヤー乾燥 (レイヤー)
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●　線を描いたあと変形できるベクター　

ベクターレイヤーを使うと、パス(？)で描いた線の形を変えたり、ブラシの種類を変えたりできます。
ベジェ曲線です。
講座サイトなど： http://koppe.iinaa.net/layer.htm#vector　／　http://nekop.seesaa.net/category/20662267-1.html
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●　はみ出してるけどはみ出てない　

下のレイヤーの描画部分(透明部分)と連動させることができます。
猫ペでは【グループ化】という名称ですが、他では【クリッピングマスク】とも呼ばれています。
講座サイトなど： http://koppe.iinaa.net/layer.htm
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●　描画からアクティブレイヤー選択(key)　

key設定のどれかに「レイヤー選択(フォルダ内)」を設定すると使える機能です。
このショートカットキーを使うと、クリックした場所に描画があれば、そのレイヤーがアクティブレイヤーになります。
ただし、描画が重なっていると一番上のレイヤーが選択されます。
クリックではなく左ドラッグでも選択可能です。
講座サイトなど： https://twitter.com/kt4sk/status/415215128909332480/
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●　セットの有無　

主な違いは、ブラシ・テクスチャ画像とレイヤーモード、ブラシセットの登録、スクリプトの充実度です。
セット付きを無理に使う必要はなく、好みに合わせてお使いください。
尚、ＱＴ版ではレイヤーモードは追加できません。
講座サイトなど： http://nekop.seesaa.net/category/7929855-1.html
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●　アクティブレイヤーのみ表示　

メニューバーの「レイヤー」→「アクティブレイヤーのみ表示」(ショートカットN)で、キャンバスにアクティブレイヤーの内容のみが表示されます。
レイヤービューの置き場がなくとも、ショートカットキーで簡単に切り替えできるので助かります。
講座サイトなど：
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●　レイヤー乾燥　

メニューバーの「レイヤー」→「乾燥」で、ショートカットは「A」です。
これは、下のレイヤーと結合したあと、新規レイヤーを作成してくれる機能です。
レイヤーモードは、通常と乗算は引き継いでくれます。あと、不透明度も。
ソフトによっては、「転写」とも呼ばれているようです。
講座サイトなど： http://koppe.iinaa.net/menubar.htm
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