こちらはツイッターまとめのNekoPaintの便利機能まとめから、検索などが使えるように改めて追加編集したものです。
お絵かきソフトでどんなことができるのかを知りたい方にも、参考にして頂ければと思います。
猫ペイントダウンロードサイト→ 最新テスト版（updateのみ）→　無印　 QT(Cute)
　
このサイトでは無印版を基準にしています。QT版にも対応しているかはアイコンを見てください。
｜　NekoPaintの各バージョンについて　｜　猫ペイント(無印)と、猫ペイントQT(Cute)の違い　｜

編集(14) 保存(9) 定規(3) 塗り潰し(4) ショートカット(12) ブラシ(23) レイヤー(23) 描画(15) 選択(13) 表示(ビュー)(7)
スポイト(3) 模様(3) ウィンドウ(11) スクリプト(7) 文字(4) 漫画(7) グラデーション(1) その他(12) 番外編(15)

■ 名前変更のショートカット切り替え (ショートカット)
■ レイヤーモード設定が消える (レイヤー,番外編)
■ 文字入力ができる (ブラシ,文字)

■ 違うファイルを並べて表示 (ウィンドウ,その他)
■ ウィンドウをまとめられる (ウィンドウ)
■ ツールボックス設定 (ウィンドウ)

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●　名前変更のショートカット切り替え　

2015/6/29に更新されたnpaint_temp7.zip　についた機能です。
デフォルトではレイヤーやブラシセットウィンドウの上でダブルクリックをすると名前変更ウィンドウがでますが、違うショートカットへ切り替えが可能になりました。

レイヤーをCTRL+右クリックでダブルクリックの有効無効切り替え
レイヤーをCTRL+SHIFT+クリックまたはALT+クリックで名前変更
ブラシセットでCTRL+クリックで名前変更を廃止
ブラシセットでCTRL+SHIFT+クリックまたはALT+クリックで名前変更

講座サイトなど：

http://npaint.sakura.ne.jp/test/temp.html

●　レイヤーモード設定が消える　

保存後、開きなおしたらレイヤーモードの設定が消えていることがあります。
他ソフトにあって猫ペイントにないモードはどうしようもありません。
猫ペしか使ってなくても、RGB合成（青）は確実に消えます。理由はURL先。
他のモードでも稀に消えることがありますが、レイヤー数が多かったりファイルが重いときに起こってる気がします。処理が間に合ってないっぽい？？
重いファイルのときは、保険としてレイヤー名をモード名にしていると良いかもしれません。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/layer_blend_making.htm

●　文字入力ができる　

NekoPaint Set をダウンロードしていれば、ブラシセットに「テキスト用」ブラシがあります。
プロポーショナルフォント（可変幅フォント）を選択しても、可変にはなりません。
複数行での頭揃えも不可。
テキストウィンドウに入れた文章も残せませんので注意してください。
漫画製作の文字入れには向かないですが、ちょっと文字入れしたいだけなら十分です。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/text.htm

●　違うファイルを並べて表示　

キャンバス表示を、タブあり・なし選べます。
タブなしにすれば、複数のファイルを並べて見ながら作業できます。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/layout.htm

●　ウィンドウをまとめられる　

カスタムウィンドウを使うと、効率よくウィンドウの出し入れが可能になります。
常に表示したいウィンドウと、常には不要だけどそこそこ使うので閉じてしまうと面倒・・・というウィンドウを一緒にしてしまうと便利です。
小さいモニタで常時表示のウィンドウを増やしたくない人向け。
タブで表示を切り替えるだけなので、呼び出しの手間がありません。
纏まった状態でそのカスタムウィンドウを閉じたり開いたりできるのが、これまた有難いです。

講座サイトなど：