こちらはツイッターまとめのNekoPaintの便利機能まとめから、検索などが使えるように改めて追加編集したものです。
お絵かきソフトでどんなことができるのかを知りたい方にも、参考にして頂ければと思います。
猫ペイントダウンロードサイト→ 最新テスト版（updateのみ）→　無印　 QT(Cute)
　
このサイトでは無印版を基準にしています。QT版にも対応しているかはアイコンを見てください。
｜　NekoPaintの各バージョンについて　｜　猫ペイント(無印)と、猫ペイントQT(Cute)の違い　｜

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■ ナビゲーターのプレビューからズームや回転 (表示(ビュー),番外編)
■ 猫ペが起動しなくなった (番外編)
■ パソコン変更したとき、設定の移動は？ (保存,番外編)

■ 上書き保存ができない (保存,番外編)
■ キャンバスサイズ制限なし (番外編)
■ レイヤーモード設定が消える (レイヤー,番外編)

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●　ナビゲーターのプレビューからズームや回転　

ナビゲーターウィンドウのプレビューの赤枠を使って、キャンバスのズームと角度が変更可能になります。
使うには、メニューバーの「ファイル」→「環境設定」でチェックを入れてください。

QT版では、設定ファイル(np.cfg)を直接弄るしかありません。
n30571=0　回転OFF　、　n30571=1　回転ON
n30570=0　ズームOFF　、　n30570=1　ズームON

デフォルトでは、ズーム機能ON、回転はOFFになっているようです。

講座サイトなど：

●　猫ペが起動しなくなった　

configフォルダ内の、key2.dat を削除してください。
このファイルの編集はできないので(かなり知識が必要そうです)、キー設定２を使うならば、登録したあとにコピーしてファイルを保管しておくのがオススメです。
ブラシ・テクスチャの新しい画像を追加したあとでしたら、その画像が壊れていて起動しない可能性もあります。
※起動しなくなったという情報自体が少なく、この問題以外は聞いたことはありません。（2014年12月現在）

講座サイトなど：

●　パソコン変更したとき、設定の移動は？　

猫ペイントの入ってるフォルダを丸ごとコピーして移動するだけです。
設定ファイルだけ保管移動したいときは以下で↓
自分で追加したブラシ画像など以外の、レイアウトやカスタムしたブラシはconfigフォルダに入ってます。
QT版はレイアウト（qnp.ini）が入ってないので注意。
brush_setフォルダは、ブラシセットの▲部分だけです。

講座サイトなど：

●　上書き保存ができない　

上書き保存以外にも、ファイルを削除しようとしてもできなかったり、ファイルを開けないケースについて。
これらはファイルにロックが掛かっている所為です。
単に管理者制限が関わっていることもありますが、それ以外は何故そうなるのかは原因不明。
再起動で直ることもあります。

Windowsではままあることのようで、ロックを解除するソフトがいくつか作られています。
参考URL ２は「無料ファイル強制削除ソフト一覧 - フリーソフト100」のページですので、ご自身にあったソフトをどうぞ。

※　削除は出来るけど上書きだけできない場合は、PCスペックが足りないことが考えられます。

講座サイトなど：

http://nekop.seesaa.net/article/372616018.html　／　http://freesoft-100.com/pasokon/force-delete.html

●　キャンバスサイズ制限なし　

PCのスペック次第のようです。
PCスペックが上がったら、以前エラーがでていたファイルでもエラーが出なくなりました。

猫使い管理人のPCはwin7で
・Core i5 3210M 2.5GHz/2コア
・メモリ 8G
・インテルHDグラフィックス4000(内蔵)
B2_600dpi_12165×17197 は上書き保存できませんでした。(別名ならOK)
大きい(スペックが足りない)と、保存は大丈夫でもキャンバスサイズの数値変更はエラーになったり。
選択範囲→トリミング→取り消し(Ctrl+Z)で、取り消しができなかったり。
この辺り、フォトショップは流石ですね。ゆっくりだけどエラー出さずに頑張ってくれます。

講座サイトなど：

●　レイヤーモード設定が消える　

保存後、開きなおしたらレイヤーモードの設定が消えていることがあります。
他ソフトにあって猫ペイントにないモードはどうしようもありません。
猫ペしか使ってなくても、RGB合成（青）は確実に消えます。理由はURL先。
他のモードでも稀に消えることがありますが、レイヤー数が多かったりファイルが重いときに起こってる気がします。処理が間に合ってないっぽい？？
重いファイルのときは、保険としてレイヤー名をモード名にしていると良いかもしれません。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/layer_blend_making.htm