こちらはツイッターまとめのNekoPaintの便利機能まとめから、検索などが使えるように改めて追加編集したものです。
お絵かきソフトでどんなことができるのかを知りたい方にも、参考にして頂ければと思います。
猫ペイントダウンロードサイト→ 最新テスト版（updateのみ）→　無印　 QT(Cute)
　
このサイトでは無印版を基準にしています。QT版にも対応しているかはアイコンを見てください。
｜　NekoPaintの各バージョンについて　｜　猫ペイント(無印)と、猫ペイントQT(Cute)の違い　｜

編集(14) 保存(9) 定規(3) 塗り潰し(4) ショートカット(12) ブラシ(23) レイヤー(23) 描画(15) 選択(13) 表示(ビュー)(7)
スポイト(3) 模様(3) ウィンドウ(11) スクリプト(7) 文字(4) 漫画(7) グラデーション(1) その他(12) 番外編(15)

■ 描画からアクティブレイヤー選択(key) (ショートカット,レイヤー,描画)
■ 特定の線を一本だけ選んで消去 (編集,描画,その他)
■ 模様が簡単 (描画,模様)

■ 四角の角が丸い枠 (描画)
■ 四角や丸、直線をツールで描ける (描画)
■ パス描画 (描画)

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●　描画からアクティブレイヤー選択(key)　

key設定のどれかに「レイヤー選択(フォルダ内)」を設定すると使える機能です。
このショートカットキーを使うと、クリックした場所に描画があれば、そのレイヤーがアクティブレイヤーになります。
ただし、描画が重なっていると一番上のレイヤーが選択されます。
クリックではなく左ドラッグでも選択可能です。

講座サイトなど：

https://twitter.com/kt4sk/status/415215128909332480/

●　特定の線を一本だけ選んで消去　

メニューバーの「α(Y)」の、「線消しゴムを使用する」にチェックを入れると使えるようになります。
１２３４の順に引かれた線で、３だけを消したい場合、シフトキー押しながら３の線をなぞると、こう消える。下書き向け。
保存して開き直した描画では機能しません。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/menubar.htm

●　模様が簡単　

回転対称ブラシでサクサク模様を描けます。
メニューバーの「ビュー」→「左右対称　軸」または「回転対称　中心」で、中心や軸を変更できます。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/moyou.htm#taisyou　／　http://dashineko.nyanta.jp/

●　四角の角が丸い枠　

簡単というわけではありませんが、描画モードの矩形を利用すれば、四角の角が丸いデザインも可能です。

講座サイトなど：

●　四角や丸、直線をツールで描ける　

ブラシツールを選んでから、ツールオプションで選択します。
猫ペイントには定規機能もありますが、少し描きたいだけならばオプションで十分だと思います。
shiftキーを押しながらだと、直線は45度間隔に、楕円と矩形は円と正方形になります。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/tool.htm

●　パス描画　

ブラシツールのツールオプションで選択できます。
多少の編集も可能ですが、パスの保存はできません。描画決定した時点で消えます。
ラインは表示されますが、ポイントがないので細かい編集には不向きです。
細かい作業なら、ベクターレイヤーが良いと思います。
曲線修正は
alt+クリックで曲線のパスの位置を修正。
shift+クリックで曲線のパスを追加。
曲線はスプライン曲線っぽいです。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/tool.htm