こちらはツイッターまとめのNekoPaintの便利機能まとめから、検索などが使えるように改めて追加編集したものです。
お絵かきソフトでどんなことができるのかを知りたい方にも、参考にして頂ければと思います。
猫ペイントダウンロードサイト→ 最新テスト版（updateのみ）→　無印　 QT(Cute)
　
このサイトでは無印版を基準にしています。QT版にも対応しているかはアイコンを見てください。
｜　NekoPaintの各バージョンについて　｜　猫ペイント(無印)と、猫ペイントQT(Cute)の違い　｜

編集(14) 保存(9) 定規(3) 塗り潰し(4) ショートカット(12) ブラシ(23) レイヤー(23) 描画(15) 選択(13) 表示(ビュー)(7)
スポイト(3) 模様(3) ウィンドウ(11) スクリプト(7) 文字(4) 漫画(7) グラデーション(1) その他(12) 番外編(15)

■ 特定の線を一本だけ選んで消去 (編集,描画,その他)
■ 選択範囲でトリミング (編集,選択)
■ 基本操作ショートカット (編集,ショートカット)

■ トーンカーブで色調補正 (編集)
■ キャンバスサイズ変更 (編集)
■ 画像変形 (編集)

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●　特定の線を一本だけ選んで消去　

メニューバーの「α(Y)」の、「線消しゴムを使用する」にチェックを入れると使えるようになります。
１２３４の順に引かれた線で、３だけを消したい場合、シフトキー押しながら３の線をなぞると、こう消える。下書き向け。
保存して開き直した描画では機能しません。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/menubar.htm

●　選択範囲でトリミング　

選択範囲に合わせたサイズに、キャンバスを調整（切り抜き）してくれます。

講座サイトなど：

●　基本操作ショートカット　

「Ctrl＋C　コピー」「Ctrl＋V　ペースト(貼り付け)」「Ctrl＋X　切り取り」「Ctrl＋Z　取り消し」「Ctrl＋A　全体を選択」使えます。
ただし、コピーは選択範囲を作っていないとコピーされません。
ctrl + alt + ドラッグで　『ブラシのサイズ（太さ）変更』　ができます。
ctrl + クリック　を　消しゴムの設定にしているときは
　ctrl を押してから alt を押すと　消しゴムのサイズ変更
　alt を押してから ctrl を押すと　ブラシのサイズ変更　です。

講座サイトなど：

http://koppe.iinaa.net/settei.htm#shortcut